SAXSdb — 1jyq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 60–151 链 B； UniProt 60–151	片段：SH2 Domain	mAZ-pY-(alpha Me)pY-N-NH2 peptide inhibitor × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Ammonium phosphate, PEG400, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 60–151 链 B； UniProt 60–151	片段：SH2 Domain	mAZ-pY-(alpha Me)pY-N-NH2 peptide inhibitor × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Ammonium phosphate, PEG400, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JYQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 D 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 C 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 D 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 C 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 D 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 C 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1FYR DIMER FORMATION THROUGH DOMAIN SWAPPING IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRB2-SH2 AC-PYVNV COMPLEX 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 C 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 D 50–161（112 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；11% PEG 3350, 0.5M NaCL, 0.1M MES/NaOH pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1TZE SIGNAL TRANSDUCTION ADAPTOR GROWTH FACTOR, GRB2 SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHOSPHOTYROSYL HEPTAPEPTIDE LYS-PRO-PHE-PTYR-VAL-ASN-VAL-NH2 (KFPPYVNC-NH2) 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 55–152（98 aa）片段：SH2 DOMAIN RESIDUES 55 - 152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1TZE SIGNAL TRANSDUCTION ADAPTOR GROWTH FACTOR, GRB2 SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHOSPHOTYROSYL HEPTAPEPTIDE LYS-PRO-PHE-PTYR-VAL-ASN-VAL-NH2 (KFPPYVNC-NH2) 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 55–152（98 aa）片段：SH2 DOMAIN RESIDUES 55 - 152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1TZE SIGNAL TRANSDUCTION ADAPTOR GROWTH FACTOR, GRB2 SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHOSPHOTYROSYL HEPTAPEPTIDE LYS-PRO-PHE-PTYR-VAL-ASN-VAL-NH2 (KFPPYVNC-NH2) 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 55–152（98 aa）片段：SH2 DOMAIN RESIDUES 55 - 152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1TZE SIGNAL TRANSDUCTION ADAPTOR GROWTH FACTOR, GRB2 SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHOSPHOTYROSYL HEPTAPEPTIDE LYS-PRO-PHE-PTYR-VAL-ASN-VAL-NH2 (KFPPYVNC-NH2) 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 55–152（98 aa）片段：SH2 DOMAIN RESIDUES 55 - 152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1TZE SIGNAL TRANSDUCTION ADAPTOR GROWTH FACTOR, GRB2 SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHOSPHOTYROSYL HEPTAPEPTIDE LYS-PRO-PHE-PTYR-VAL-ASN-VAL-NH2 (KFPPYVNC-NH2) 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 55–152（98 aa）片段：SH2 DOMAIN RESIDUES 55 - 152	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1ZFP GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 56–153（98 aa）片段：SH2	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å
1ZFP GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 56–153（98 aa）片段：SH2	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å
1ZFP GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 56–153（98 aa）片段：SH2	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å
1ZFP GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 56–153（98 aa）片段：SH2	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å
1ZFP GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOTYROSYL PENTAPEPTIDE 提交 1998-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 56–153（98 aa）片段：SH2	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å

共 3 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–96； UniProt 60–151 作者链 B； PDB构建体 5–96； UniProt 60–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jyq
沉积日期 deposition_date	2001-09-13
结构标题 title	Xray Structure of Grb2 SH2 Domain Complexed with a Highly Affine Phospho Peptide
关键词 keywords	RECEPTOR BINDING, REGULATORY, SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN INHIBITOR, SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE INHIBITOR complex; SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.44 Å
零角强度 I(0) i0	10371700.00
分子量 molecular_weight	23682.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29490 Å³
包络体积 envelope_volume	32925 Å³
水化壳体积 shell_volume	16181 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.25 Å
包络 Rg envelope_rg	17.75 Å
形状 Rg shape_rg	17.42 Å
总 Rg total_rg	18.41 Å
总原子数 total_atoms	1672
残基数 n_residues	194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8702
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.256
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2116000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.975

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2
分子量 formula_weight	11071.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1872

GSMAWFFGKIPRAKAEEMLSKQRHDGAFLIRESESAPGDFSLSVKFGNDVQHFKVLRDGAGKYFLWVVKFNSLNELVDYHRSTSVSRNQQIFLRDI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mAZ-pY-(alpha Me)pY-N-NH2 peptide inhibitor
分子量 formula_weight	781.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,H

XYYN

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	166

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1jyqa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d1jyqa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jyqb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d1jyqb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jyqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	1jyqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.999 Å
晶胞边长 b length_b	60.999 Å
晶胞边长 c length_c	177.046 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	7.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/jy/1jyq/1jyq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jy/1jyq/1jyq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jy/1jyq/1jyq.dat

Xray Structure of Grb2 SH2 Domain Complexed with a Highly Affine Phospho Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)