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1k0s

Solution structure of the chemotaxis protein CheW from the thermophilic organism Thermotoga maritima

Method: SOLUTION NMR Dmax: 62.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHEMOTAXIS PROTEIN CHEW

Thermotoga maritima

UniProt Q56311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–151 片段：CheW 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM KCl；压力 1 NMR样品组成：1mM TMW U-15N,13C; 50mM Acetate buffer | 93% H2O/7% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1K0S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CH4 Complex between Bacterial Chemotaxis histidine kinase CheA domains P4 and P5 and receptor-adaptor protein CheW 提交 2006-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 W 1–151（151 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PEG 4K 3-5%,NA ACETATE 0.1M PH 4.5,ADPNP 1MM
分辨率 3.50 Å R-free 0.295
2CH4 Complex between Bacterial Chemotaxis histidine kinase CheA domains P4 and P5 and receptor-adaptor protein CheW 提交 2006-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Y 1–151（151 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 PEG 4K 3-5%,NA ACETATE 0.1M PH 4.5,ADPNP 1MM
分辨率 3.50 Å R-free 0.295
3UR1 The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with a truncated fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2011-11-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 9–147（139 aa） 片段：unp residues 9-147
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris, 15% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 4.50 Å R-free 0.291
4JPB The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with an unzipped fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2013-03-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 W 1–147（147 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Cubic shaped crystals (50x50x50 um3) were grown from a mixture of 520 uM Tm14s, 457 uM CheA 354 and 121 uM CheW after 1 month by vapor diffusion from a 2 ul drop (1:1 mixture of protein and reservoir: 500 ul reservoir of 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% w/v polyethylene glycol 4,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.19 Å R-free 0.220

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHEW_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k0s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k0s
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k0s
沉积日期 deposition_date2001-09-20
结构标题 titleSolution structure of the chemotaxis protein CheW from the thermophilic organism Thermotoga maritima
关键词 keywordsCheW, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.69 Å
零角强度 I(0) i01382520000.00
分子量 molecular_weight338680.0 kDa
排除体积 excluded_volume434340 ų
包络体积 envelope_volume46270 ų
水化壳体积 shell_volume19952 ų
包络直径 envelope_diameter70.4 Å
壳层 Rg shell_rg26.35 Å
包络 Rg envelope_rg20.46 Å
形状 Rg shape_rg15.64 Å
总 Rg total_rg16.10 Å
总原子数 total_atoms49100
残基数 n_residues3020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.3 Å
Rg (实空间) rg_real16.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1383000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6947
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.356
峰度 Kurtosis kurtosis0.040
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha842500.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.373; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1k0sa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.7 — CheW-like
家族 Family familyb.40.7.1 — CheW-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1k0sA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id1k0sA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — CheA-289, Domain 4
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)