← 返回搜索
1k4s

HUMAN DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase I

Homo sapiens

UniProt P11387

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 3 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*(5IU)P*(5IU))-3' × 1 5'-D(*(SPT)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*(5IU)P*(5IU)P*(5IU)P*(5IU)P*T)-3' × 1 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*CP*AP*AP*AP*GP*(IDO)UP*CP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*(IDO)UP*T)-3' × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1a35 1a36 1ej9 1k4s 1k4t 1lpq 1nh3 1r49 1rr8 1rrj 1sc7 1seu

共 14 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–592； UniProt 174–765

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k4s
沉积日期 deposition_date2001-10-08
结构标题 titleHUMAN DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX
关键词 keywordsComplex (ISOMERASE-DNA), DNA, Topoisomerase I, ISOMERASE-DNA complex; ISOMERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1k4s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1k4s__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1k4s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）26.34 Å
Rg（电子密度）26.11 Å
总 Rg26.59 Å
原子数4858
残基数517
排除体积83851 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1k4s__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1k4sa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamilyd.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family familyd.163.1.2 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core
结构域编号 domain_idd1k4sa2
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.15 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
超家族 Superfamily superfamilye.15.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
家族 Family familye.15.1.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1k4sA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology11 — DNA Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Topoisomerase I, domain 2
结构域编号 domain_id1k4sA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily41 — Yeast DNA topoisomerase - domain 1
结构域编号 domain_id1k4sA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology15 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1k4sA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
▶

7. 引用文献 (1)