1k4u

Solution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox

Method: SOLUTION NMR Dmax: 43.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHAGOCYTE NADPH OXIDASE SUBUNIT P67PHOX

Homo sapiens

UniProt P19878

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 455–516 片段:C-TERMINAL SH3 DOMAIN (RESIDUES 455-516) 突变:C499S/C514S PHAGOCYTE NADPH OXIDASE SUBUNIT P47PHOX × 1 (P14598) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.1;298 K;离子强度(mmCIF原始值)100mM KCl;压力 1 NMR样品组成:0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O NMR样品组成:0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–62; UniProt 455–516

PHAGOCYTE NADPH OXIDASE SUBUNIT P47PHOX

Homo sapiens

UniProt P14598

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 359–390 片段:TAIL PEPTIDE (RESIDUES 359-390) PHAGOCYTE NADPH OXIDASE SUBUNIT P67PHOX × 1 (P19878) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.1;298 K;离子强度(mmCIF原始值)100mM KCl;压力 1 NMR样品组成:0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O NMR样品组成:0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–32; UniProt 359–390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k4u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k4u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k4u
沉积日期 deposition_date2001-10-08
结构标题 titleSolution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox
关键词 keywordsP67PHOX, P47PHOX, SH3-PEPTIDE COMPLEX, HELIX-TURN-HELIX, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.50
零角强度 I(0) i0690810000.00
分子量 molecular_weight227630.0 kDa
排除体积 excluded_volume287080 ų
包络体积 envelope_volume24217 ų
水化壳体积 shell_volume13685 ų
包络直径 envelope_diameter51.4
壳层 Rg shell_rg20.74
包络 Rg envelope_rg15.47
形状 Rg shape_rg12.45
总 Rg total_rg12.84
总原子数 total_atoms32296
残基数 n_residues2068
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax43.1
Rg (实空间) rg_real12.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28
I(0) (实空间) i0_real6.9080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal690800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7811
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.7
偏度 Skewness skewness0.240
峰度 Kurtosis kurtosis-0.160
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha348900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1k4us_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1k4uS00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)