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1k5r

YAP65 WW domain S24-Amino-Ethylsulfanyl-Acetic Acid mutant

Method: SOLUTION NMR Dmax: 41.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

65 KDA YES-ASSOCIATED PROTEIN

物种未注明

UniProt P46937

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 165–204 片段：WW domain, residues 5-44 突变：S24/Amino-ethyl-sulfanyl-acetic acid 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Fragment of WBP-1 × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件：pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成：phosphate buffer 10 mM, Nacl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1 mM, pH 6, WW domain 1.2 mM Ligand 2.4 mM | H20 (10% D20) NMR样品组成：phosphate buffer 10 mM, Nacl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1 mM, pH 6 WW domain, 1.2 mM Ligand 2.4 mM | D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 1K5R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JMQ YAP65 (L30K mutant) WW domain in Complex with GTPPPPYTVG peptide 提交 2001-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 165–210（46 aa）
突变：L30K 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 1.2 mM WW domain; 2.4 mM peptide GTPPPPYTVG; 10mM potassium phosphate buffer pH6; 100mM NaCl; 0.1 mM DTT; 0.1 mM EDTA, | 90% H20, 10% D20
NMR样品组成 1.2 mM WW domain; 2.4 mM peptide GTPPPPYTVG; 10mM potassium phosphate buffer pH6; 100mM NaCl; 0.1 mM DTT; 0.1 mM EDTA, | 100%D20
分辨率未提供
1K9Q YAP65 WW domain complexed to N-(n-octyl)-GPPPY-NH2 提交 2001-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 165–204（40 aa） 片段：Wild type WW domain
未记录 OCT N-OCTANE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 phosphate buffer 10mM, NaCl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1mM, pH 6, WW domain 1.2mM, ligand 2.4mM | H2O (10% D2O)
NMR样品组成 phosphate buffer 10mM, NaCl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1mM, pH 6, WW domain 1.2mM, ligand 2.4mM | D2O
分辨率未提供
1K9R YAP65 WW domain complexed to Acetyl-PLPPY 提交 2001-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 165–204（40 aa） 片段：Wild type WW domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 phosphate buffer 10mM, NaCl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1mM, pH 6, WW domain 1.2mM, ligand 2.4mM | H2O (10% D2O)
NMR样品组成 phosphate buffer 10mM, NaCl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1mM, pH 6, WW domain 1.2mM, ligand 2.4mM | D2O
分辨率未提供
2LAW Structure of the second WW domain from human YAP in complex with a human Smad1 derived peptide 提交 2011-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 230–263（34 aa） 片段：second WW domain, residues 230-263
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LAX Structure of first WW domain of human YAP in complex with a human Smad1 doubly-phosphorilated derived peptide. 提交 2011-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 170–205（36 aa） 片段：first WW domain, residues 170-205
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LAY Structure of the first WW domain of human YAP in complex with a phosphorylated human Smad1 derived peptide 提交 2011-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 170–205（36 aa） 片段：residues 170-205
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LTV YAP WW2 in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 230–265（36 aa） 片段：WW2 domain (UNP residues 230-265)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM YAPWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YAPWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LTW YAP WW1 in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 170–205（36 aa） 片段：WW1 domain (UNP residues 170-205)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM YAPWW1, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YAPWW1, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3KYS Crystal structure of human YAP and TEAD complex 提交 2009-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 50–171（122 aa） 片段：TEAD binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 2M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.266
3KYS Crystal structure of human YAP and TEAD complex 提交 2009-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 50–171（122 aa） 片段：TEAD binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 2M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.266
4RE1 Crystal structure of human TEAD1 and disulfide-engineered YAP 提交 2014-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 50–171（122 aa） 片段：TEAD BINDING DOMAIN (UNP RESIDUES 50-171)
突变：R87C, D93A, F96C, E100R CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 1.8M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.248
4RE1 Crystal structure of human TEAD1 and disulfide-engineered YAP 提交 2014-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 50–171（122 aa） 片段：TEAD BINDING DOMAIN (UNP RESIDUES 50-171)
突变：R87C, D93A, F96C, E100R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 1.8M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.248
4REX Crystal structure of the first WW domain of human YAP2 isoform 提交 2014-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 165–209（45 aa） 片段：WW domain (UNP residues 165-209)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；293 K；1.5 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate, 100 mM proline, 5 mM NDSB-201 and 5mM MBCD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
5OAQ TEAD4 COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE AND MYRISTATE (COVALENTLY BOUND) 提交 2017-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% PEG 3350,2% tacsimate, 0.1M NaCitrate
分辨率 1.95 Å R-free 0.252
6G6X 14-3-3sigma in complex with a P129beta3P mutated YAP pS127 phosphopeptide 提交 2018-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 124–133（10 aa）
突变：Proline 129 to beta3-proline 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES, pH 7.1, 29% PEG 400, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol
分辨率 1.13 Å R-free 0.168
6G8P 14-3-3sigma in complex with a P129beta3P and L132beta3L mutated YAP pS127 phosphopeptide 提交 2018-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 124–133（10 aa） 片段：UNP residues 124-133
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES, pH 7.1, 29% PEG 400, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.159
6G8Q 14-3-3sigma in complex with a A130beta3A and Q133beta3Q mutated YAP pS127 phosphopeptide 提交 2018-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 124–133（10 aa） 片段：UNP residues 124-133
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES, pH 7.1, 29% PEG 400, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol
分辨率 1.85 Å R-free 0.175
6GE3 X-ray structure of TEAD4 (wildtype) complexed with YAP (wildtype): The role of residual flexibility and water molecules in the adaptation of a bound intrinsically disordered protein to mutations at a binding interface 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；16% PEG 3350,2% tacsimate, 0.1M NaCit, pH 5.6
分辨率 1.85 Å R-free 0.242
6GE4 TEAD4 (216-434);E263A COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100) AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.97A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 0.2M MgNitrate
分辨率 1.97 Å R-free 0.241
6GE5 TEAD4 (216-434);Y429F COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100) AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 2.05A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；20% PEG 3350, 8% Tacsimate
分辨率 2.05 Å R-free 0.238
6GE6 X-ray structure of TEAD4(E263A+Y429F mutant) complexed with YAP(wildtype): The role of residual flexibility and water molecules in the adaptation of a bound intrinsically disordered protein to mutations at a binding interface 提交 2018-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-TRIS
分辨率 1.80 Å R-free 0.238
6GEC TEAD4 (216-434) COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100);S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.70A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–99（40 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 0.2M NaTartrate
分辨率 1.70 Å R-free 0.242
6GEE TEAD4 (216-434);E263A COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100); S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.96A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–99（40 aa）
突变：S94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；17% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-TRIS
分辨率 1.96 Å R-free 0.245
6GEG TEAD4 (216-434);Y429F COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100); S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 2.23A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–99（40 aa）
突变：S94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 0.2M Na tartrate
分辨率 2.23 Å R-free 0.236
6GEI TEAD4 (216-434);E263A+Y429F COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60- 100);S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND TO LYS344, NOT CYS367!) AT 1.65A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
突变：S94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2M Na acetate
分辨率 1.65 Å R-free 0.248
6GEK TEAD4 (216-434);Y429F COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100) AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 2.28A (P212121 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-TRIS
分辨率 2.28 Å R-free 0.246
6GEK TEAD4 (216-434);Y429F COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100) AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 2.28A (P212121 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-TRIS
分辨率 2.28 Å R-free 0.246
6HIK X-ray structure of TEAD4(Y429H) mutant) complexed with YAP (wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy 提交 2018-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–99（40 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；1.4M Na/K PO4
分辨率 1.65 Å R-free 0.237
6HIL X-ray structure of TEAD1(Y421H mutant) complexed with YAP(wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy 提交 2018-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% (w/v) PEG3350, 0.2M Na Malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6HIL X-ray structure of TEAD1(Y421H mutant) complexed with YAP(wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy 提交 2018-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% (w/v) PEG3350, 0.2M Na Malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6HIL X-ray structure of TEAD1(Y421H mutant) complexed with YAP(wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy 提交 2018-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% (w/v) PEG3350, 0.2M Na Malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6HIL X-ray structure of TEAD1(Y421H mutant) complexed with YAP(wildtype): Molecular and structural characterization of a TEAD mutation at the origin of Sveinsson's chorioretinal atrophy 提交 2018-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 60–100（41 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% (w/v) PEG3350, 0.2M Na Malonate
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6Q2X TEAD4 (216-434) COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100) AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 2.1A (P41212 CRYSTAL FORM) 提交 2018-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 60–100（41 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；16% PEG 3350,2% tacsimate, 0.1M NaCit
分辨率 2.10 Å R-free 0.253
8A8Q Crystal structure of Protein Scalloped in complex with YAP peptide 提交 2022-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 51–99（49 aa）
链 D 51–99（49 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6 20 % PEG8000 0.2 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.47 Å R-free 0.234
8A8R Crystal structure of TEAD4 in complex with YAP peptide 提交 2022-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 50–100（51 aa）
链 M 50–100（51 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MYR MYRISTIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6 50 mM magnesium acetate tetrahydrate 25% PEG400
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
8WRG Solution structure of the TAD domain (450-504) of human transcriptional coactivator YAP1 提交 2023-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 450–504（55 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 1
NMR样品组成 0.95 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] YAP-TAD, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 5 % v/v [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
9FZA TEAD1/YAP in complex with a reversible inhibitor N-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide 提交 2024-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 51–110（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 A1IHH ~{N}-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6
分辨率 2.21 Å R-free 0.262
9FZA TEAD1/YAP in complex with a reversible inhibitor N-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide 提交 2024-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 51–110（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 A1IHH ~{N}-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6
分辨率 2.21 Å R-free 0.262

共 31 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YAP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–40； UniProt 165–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k5r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k5r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k5r
沉积日期 deposition_date2001-10-12
结构标题 titleYAP65 WW domain S24-Amino-Ethylsulfanyl-Acetic Acid mutant
关键词 keywordsWW domain, YAP65, beta-sheet proteins, stability of beta sheets, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.03 Å
零角强度 I(0) i048448500.00
分子量 molecular_weight56904.0 kDa
排除体积 excluded_volume70955 ų
包络体积 envelope_volume17843 ų
水化壳体积 shell_volume11339 ų
包络直径 envelope_diameter46.7 Å
壳层 Rg shell_rg19.16 Å
包络 Rg envelope_rg13.82 Å
形状 Rg shape_rg11.00 Å
总 Rg total_rg11.66 Å
总原子数 total_atoms7800
残基数 n_residues480
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.2 Å
Rg (实空间) rg_real11.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48450000.0000
解质量估计 total_estimate0.7591
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary13.0 Å
偏度 Skewness skewness0.288
峰度 Kurtosis kurtosis-0.140
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha164300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1k5ra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.72.1 — WW domain
家族 Family familyb.72.1.1 — WW domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)