1kl8

NMR STRUCTURAL ANALYSIS OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND THE PRINCIPAL ALPHA-NEUROTOXIN BINDING SEQUENCE ON THE ALPHA7 SUBUNIT OF A NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR

Method: SOLUTION NMR Dmax: 56.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-BUNGAROTOXIN

物种未注明

UniProt P60615

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–74 未记录 NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA-7 CHAIN × 1 (P22770) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.5;308 K;压力 AMBIENT NMR样品组成:1.6 MM ALPHA-BUNGAROTOXIN 15N]-ALPHA 7 19MER COMPLEX MM SODIUM PHOSPHATE, PH 5. MICROMOLAR SODIUM AZIDE 50 MICROMOLAR TMSP | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NXL1A_BUNMU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA-7 CHAIN

Gallus gallus

UniProt P22770

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 201–219 片段:ALPHA-NEUROTOXIN BINDING SITE 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ALPHA-BUNGAROTOXIN × 1 (P60615) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.5;308 K;压力 AMBIENT NMR样品组成:1.6 MM ALPHA-BUNGAROTOXIN 15N]-ALPHA 7 19MER COMPLEX MM SODIUM PHOSPHATE, PH 5. MICROMOLAR SODIUM AZIDE 50 MICROMOLAR TMSP | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHA7_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–19; UniProt 201–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kl8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kl8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kl8
沉积日期 deposition_date2001-12-11
结构标题 titleNMR STRUCTURAL ANALYSIS OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND THE PRINCIPAL ALPHA-NEUROTOXIN BINDING SEQUENCE ON THE ALPHA7 SUBUNIT OF A NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR
关键词 keywords;ALPHA-BUNGAROTOXIN, NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR ALPHA 7 SUBUNIT, ALPHA-NEUROTOXIN, LIGAND-GATED ION CHANNELS, NMR PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS, PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX, TOXIN ;; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.37
零角强度 I(0) i02512030.00
分子量 molecular_weight10242.0 kDa
排除体积 excluded_volume12543 ų
包络体积 envelope_volume15739 ų
水化壳体积 shell_volume9991 ų
包络直径 envelope_diameter57.1
壳层 Rg shell_rg19.18
包络 Rg envelope_rg15.07
形状 Rg shape_rg14.36
总 Rg total_rg15.49
总原子数 total_atoms1387
残基数 n_residues93
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5
Rg (实空间) rg_real15.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real2.5120e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2512000.0000
解质量估计 total_estimate0.8231
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.6
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha708300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.666; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.739; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1kl8a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.1 — Snake venom toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1kl8A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)