Escherichia coli
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 3 | MANGANESE (II) ION × 3 CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 3 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE × 3 water × 3 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | ISPF_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 |
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| 条目编号 entry_id | 1knj |
| 沉积日期 deposition_date | 2001-12-18 |
| 结构标题 title | Co-Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate Synthase (ispF) from E. coli Involved in Mevalonate-Independent Isoprenoid Biosynthesis, Complexed with CMP/MECDP/Mn2+ |
| 关键词 keywords | ;isoprenoids, deoxyxylulose/methyl-erythritol-phosphate pathway, cyclodiphosphate, MEP, YgbB, ispF, MECDP, 2-C-methyl-D-erythritol-2, 4-cyclodiphosphate synthase, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 21.67 Å |
| Rg（电子密度） | 20.65 Å |
| 总 Rg | 21.41 Å |
| 原子数 | 3612 |
| 残基数 | 456 |
| 排除体积 | 64473 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d1knja_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.79 — Bacillus chorismate mutase-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.79.5 — IpsF-like |
| 家族 Family family | d.79.5.1 — IpsF-like |
| 结构域编号 domain_id | 1knjA00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase |