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1kvp

STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPV4 CAPSID PROTEIN VP1

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03641

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 60 PDB 声明：60-MERIC（60） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–426 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 27.00 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–426 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 27.00 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–426 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 27.00 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–426 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 27.00 Å
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–426 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 27.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1KVP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC
链 1 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 1 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric
链 1 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric
链 1 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 1 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGF_BPPHX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–497； UniProt 1–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kvp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kvp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kvp
沉积日期 deposition_date1997-12-12
结构标题 titleSTRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY
关键词 keywordsBACTERIOPHAGE SPV4 COAT PROTEIN, CHIMERA, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.97 Å
零角强度 I(0) i048882200.00
分子量 molecular_weight55776.0 kDa
排除体积 excluded_volume68026 ų
包络体积 envelope_volume62685 ų
水化壳体积 shell_volume18678 ų
包络直径 envelope_diameter132.6 Å
壳层 Rg shell_rg32.47 Å
包络 Rg envelope_rg34.17 Å
形状 Rg shape_rg34.64 Å
总 Rg total_rg33.87 Å
总原子数 total_atoms—
残基数 n_residues—
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.3 Å
Rg (实空间) rg_real34.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48870000.0000
解质量估计 total_estimate0.7369
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.764
峰度 Kurtosis kurtosis0.065
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3622000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.453; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.236; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1kvpa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)