SAXSdb — 1kvu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kvu
沉积日期 deposition_date	1997-03-07
结构标题 title	UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE COMPLEXED WITH UDP-PHENOL
关键词 keywords	UDP-GALACTOSE, EPIMERASE, ISOMERASE, GALACTOSE METABOLISM; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.03 Å
零角强度 I(0) i0	26822100.00
分子量 molecular_weight	38708.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47890 Å³
包络体积 envelope_volume	52649 Å³
水化壳体积 shell_volume	22496 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.01 Å
包络 Rg envelope_rg	19.18 Å
形状 Rg shape_rg	19.04 Å
总 Rg total_rg	19.84 Å
总原子数 total_atoms	2719
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8983
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7384000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE
分子量 formula_weight	37292.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.3.2
突变 mutation	Y149F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3246

MRVLVTGGSGYIGSHTCVQLLQNGHDVIILDNLCNSKRSVLPVIERLGGKHPTFVEGDIRNEALMTEILHDHAIDTVIHFAGLKAVGESVQKPLEYYDNNVNGTLRLISAMRAANVKNFIFSSSATVYGDQPKIPYVESFPTGTPQSPFGKSKLMVEQILTDLQKAQPDWSIALLRYFNPVGAHPSGDMGEDPQGIPNNLMPYIAQVAVGRRDSLAIFGNDYPTEDGTGVRDYIHVMDLADGHVVAMEKLANKPGVHIYNLGAGVGNSVLDVVNAFSKACGKPVNYHFAPRREGDLPAYWADASKADRELNWRVTRTLDEMAQDTWHWQSRHPQGYPD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE
分子量 formula_weight	566.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	527

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1kvua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1kvuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	1kvuA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.500 Å
晶胞边长 b length_b	83.500 Å
晶胞边长 c length_c	108.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/kv/1kvu/1kvu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kv/1kvu/1kvu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kv/1kvu/1kvu.dat

UDP-GALACTOSE 4-EPIMERASE COMPLEXED WITH UDP-PHENOL

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution