lactoferrin
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 21–352 | 片段:RESIDUES 21-352 突变:R121D | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 8;298 K;concentrated solution of the protein (50-80 mg mL-1), 0.01 M Tris-HCl, pH 8.0, 12% (v/v) isopropanol, MICRODIALYSIS, temperature 298K | 分辨率 3.00 Å R-free 0.199 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 B; UniProt 21–352 | 片段:RESIDUES 21-352 突变:R121D | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICRODIALYSIS;pH 8;298 K;concentrated solution of the protein (50-80 mg mL-1), 0.01 M Tris-HCl, pH 8.0, 12% (v/v) isopropanol, MICRODIALYSIS, temperature 298K | 分辨率 3.00 Å R-free 0.199 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1L5T | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B0L RECOMBINANT HUMAN DIFERRIC LACTOFERRIN 提交 1998-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–710(691 aa)
|
突变:A10T | FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;DIALYSIS AGAINST 10MM SODIUM PHOSPHATE PH 8.0, CONTAINING 10% ETHANOL
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.274 |
| 1BKA OXALATE-SUBSTITUTED DIFERRIC LACTOFERRIN 提交 1996-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–711(692 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 2 OXL OXALATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å |
| 1CB6 STRUCTURE OF HUMAN APOLACTOFERRIN AT 2.0 A RESOLUTION. 提交 1999-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–710(691 aa)
片段:UNP residues 20-710
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.8;pH 7.8
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.286 |
| 1DSN D60S N-TERMINAL LOBE HUMAN LACTOFERRIN 提交 1995-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
21–353(333 aa)
片段:N-TERMINAL LOBE RESIDUES 1 - 333
|
突变:D60S | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;pH 8.0
|
分辨率 2.05 Å |
| 1EH3 R210K N-TERMINAL LOBE HUMAN LACTOFERRIN 提交 2000-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
15–348(334 aa)
片段:N-TERMINAL LOBE
|
突变:R210K | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION;pH 8;277 K;HEPES, NaCl, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 4K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 1FCK STRUCTURE OF DICERIC HUMAN LACTOFERRIN 提交 2000-07-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–711(692 aa)
|
未记录 | CO3 CARBONATE ION × 2 CE CERIUM (III) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.257 |
| 1H43 R210E N-TERMINAL LOBE HUMAN LACTOFERRIN 提交 2002-10-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–353(334 aa)
片段:N-TERMINAL LOBE, RESIDUES 20-353
|
突变:YES | CO3 CARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;HEPES, NACL, pH 8.00
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.235 |
| 1H44 R210L N-TERMINAL LOBE HUMAN LACTOFERRIN 提交 2002-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–353(334 aa)
片段:N-TERMINAL LOBE, RESIDUES 20-353
|
突变:YES | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;HEPES, NACL, pH 8.00
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 1H45 R210G N-TERMINAL LOBE HUMAN LACTOFERRIN 提交 2002-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–353(334 aa)
片段:N-TERMINAL LOBE, RESIDUES 20-353
|
突变:YES | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;HEPES, NACL, pH 8.00
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.248 |
| 1HSE H253M N TERMINAL LOBE OF HUMAN LACTOFERRIN 提交 1996-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
21–347(327 aa)
片段:N-TERMINAL HALF-MOLECULE
|
突变:H253M | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1LCF CRYSTAL STRUCTURE OF COPPER-AND OXALATE-SUBSTITUTED HUMAN LACTOFERRIN AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–711(690 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 1 OXL OXALATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1LCT STRUCTURE OF THE RECOMBINANT N-TERMINAL LOBE OF HUMAN LACTOFERRIN AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
21–353(333 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å |
| 1LFG Structure of diferric human lactoferrin 提交 1992-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–711(690 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å |
| 1LFH MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION OF THE STRUCTURE OF APOLACTOFERRIN, A PROTEIN DISPLAYING LARGE-SCALE CONFORMATIONAL CHANGE 提交 1991-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–711(690 aa)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1LFI METAL SUBSTITUTION IN TRANSFERRINS: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN COPPER-LACTOFERRIN AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–711(690 aa)
|
未记录 | CU COPPER (II) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 1LGB INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH THE N2 FRAGMENT OF HUMAN LACTOTRANSFERRIN OR WITH THE ISOLATED BIANTENNARY GLYCOPEPTIDE: ROLE OF THE FUCOSE MOIETY 提交 1994-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 C
111–269(159 aa)
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 1LGB INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH THE N2 FRAGMENT OF HUMAN LACTOTRANSFERRIN OR WITH THE ISOLATED BIANTENNARY GLYCOPEPTIDE: ROLE OF THE FUCOSE MOIETY 提交 1994-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
111–269(159 aa)
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 1N76 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SEMINAL LACTOFERRIN AT 3.4 A RESOLUTION 提交 2002-11-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–711(690 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS;pH 8;298 K;Tris-HCl, ethanol, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 298.0K
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.266 |
| 1SQY Structure of human diferric lactoferrin at 2.5A resolution using crystals grown at pH 6.5 提交 2004-03-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–710(691 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS;pH 6.5;277 K;Ethanol, Tris-HCL, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.215 |
| 1U62 NMR structure analysis of the lactoferrin-based peptide FQWQRNIRKVR in complex with lipopolysaccharide 提交 2004-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
39–49(11 aa)
片段:LF11
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5;303 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1
NMR样品组成
2mM lacfotefficin; 20mM sodium phosphate buffer (pH=5.5); 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1VFD HUMAN LACTOFERRIN, N-TERMINAL LOBE MUTANT WITH ARG 121 REPLACED BY GLU (R121E) 提交 1996-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–350(329 aa)
片段:N-TERMINAL HALF-MOLECULE
|
突变:R121E | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.310 |
| 1VFE HUMAN LACTOFERRIN, N-TERMINAL LOBE MUTANT WITH ARG 121 REPLACED BY SER (R121S) 提交 1996-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
22–353(332 aa)
片段:N-TERMINAL HALF-MOLECULE
|
突变:R121S | FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8;50MM TRIS/HCL PH 8.0, 12% ISOPROPANOL
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.270 |
| 1Z6V Human lactoferricin 提交 2005-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–68(49 aa)
片段:N-terminal peptide
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3;298 K;离子强度(mmCIF原始值)no salt added;压力 ambient
NMR样品组成
1mM lactoferricin | 4:4:1 chloroform-d:methanol-d3:D2O
|
分辨率未提供 |
| 1Z6W Human Lactoferricin 提交 2005-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–68(49 aa)
片段:N-terminal peptide
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3.5;298 K;离子强度(mmCIF原始值)no salt added;压力 ambient
NMR样品组成
1mM lactoferricin | 90% H20, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2BJJ Structure of recombinant human lactoferrin produced in the milk of transgenic cows 提交 2005-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 X
20–711(692 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5;5 MM SODIUM PHOSPHATE PH 8.5, 10% (V/V) ETHANOL
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.231 |
| 2DP4 Crystal structure of the complex formed between proteinase K and a human lactoferrin fragment at 2.9 A resolution 提交 2006-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 I
528–535(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;298 K;0.2M Ammonium actate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.235 |
| 7N88 The cryoEM structure of LbpB from N. gonorrhoeae in complex with lactoferrin 提交 2021-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
20–710(691 aa)
|
未记录 | FE FE (III) ION × 2 BCT BICARBONATE ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | TRFL_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–332; UniProt 21–352 作者链 B; PDB构建体 1–332; UniProt 21–352 |