1l8p

Mg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

enolase 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHONOACETOHYDROXAMIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHONOACETOHYDROXAMIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENO1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–436； UniProt 1–436 作者链 B； PDB构建体 1–436； UniProt 1–436 作者链 C； PDB构建体 1–436； UniProt 1–436 作者链 D； PDB构建体 1–436； UniProt 1–436

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1l8p
沉积日期 deposition_date	2002-03-21
结构标题 title	Mg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1
关键词 keywords	Beta Barrel, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1l8p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1l8p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1l8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.45 Å
Rg（电子密度）	26.61 Å
总 Rg	27.42 Å
原子数	6602
残基数	872
排除体积	117440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1l8p__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1l8p__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	enolase 1
分子量 formula_weight	46716.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.11
突变 mutation	S39A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14636

AVSKVYARSVYDSRGNPTVEVELTTEKGVFRSIVPSGAATGVHEALEMRDGDKSKWMGKGVLHAVKNVNDVIAPAFVKANIDVKDQKAVDDFLISLDGTANKSKLGANAILGVSLAASRAAAAEKNVPLYKHLADLSKSKTSPYVLPVPFLNVLNGGSHAGGALALQEFMIAPTGAKTFAEALRIGSEVYHNLKSLTKKRYGASAGNVGDEGGVAPNIQTAEEALDLIVDAIKAAGHDGKVKIGLDCASSEFFKDGKYDLDFKNPNSDKSKWLTGPQLADLYHSLMKRYPIVSIEDPFAEDDWEAWSHFFKTAGIQIVADDLTVTNPKRIATAIEKKAADALLLKVNQIGTLSESIKAAQDSFAAGWGVMVSHRSGETEDTFIADLVVGLRTGQIKTGAPARSERLAKLNQLLRIEEELGDNAVFAGENFHHGDKL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHONOACETOHYDROXAMIC ACID
分子量 formula_weight	155.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1432

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1l8pa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.11.1 — Enolase

结构域编号 domain_id	d1l8pa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1l8pb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.11.1 — Enolase

结构域编号 domain_id	d1l8pb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1l8pc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.11.1 — Enolase

结构域编号 domain_id	d1l8pc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1l8pd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family family	c.1.11.1 — Enolase

结构域编号 domain_id	d1l8pd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family family	d.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1l8pA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Enolase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1l8pD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Enolase-like C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	63.200 Å
晶胞边长 b length_b	164.100 Å
晶胞边长 c length_c	84.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1808
R_free r_free	0.2233

Mg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

enolase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l8p__assembly_1__model_1

1l8p__assembly_1__model_1 | I(q)

1l8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Mg-phosphonoacetohydroxamate complex of S39A yeast enolase 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

enolase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1l8p__assembly_1__model_1

1l8p__assembly_1__model_1 | I(q)

1l8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)