1lgb

INTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH THE N2 FRAGMENT OF HUMAN LACTOTRANSFERRIN OR WITH THE ISOLATED BIANTENNARY GLYCOPEPTIDE: ROLE OF THE FUCOSE MOIETY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEGUME ISOLECTIN II (ALPHA CHAIN)

物种未注明

UniProt P04122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–181 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (BETA CHAIN) × 2 (P12307) LACTOTRANSFERRIN (N2 FRAGMENT) × 2 (P02788) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–181 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (BETA CHAIN) × 1 (P12307) LACTOTRANSFERRIN (N2 FRAGMENT) × 1 (P02788) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LECB_LATOC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–181; UniProt 1–181

LEGUME ISOLECTIN II (BETA CHAIN)

物种未注明

UniProt P12307

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–53 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (ALPHA CHAIN) × 2 (P04122) LACTOTRANSFERRIN (N2 FRAGMENT) × 2 (P02788) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–53 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (ALPHA CHAIN) × 1 (P04122) LACTOTRANSFERRIN (N2 FRAGMENT) × 1 (P02788) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEC2_LATOC
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–53; UniProt 1–53

LACTOTRANSFERRIN (N2 FRAGMENT)

物种未注明

UniProt P02788

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 111–269 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (ALPHA CHAIN) × 2 (P04122) LEGUME ISOLECTIN II (BETA CHAIN) × 2 (P12307) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 111–269 未记录 LEGUME ISOLECTIN II (ALPHA CHAIN) × 1 (P04122) LEGUME ISOLECTIN II (BETA CHAIN) × 1 (P12307) ;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRFL_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–159; UniProt 111–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lgb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lgb
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lgb
沉积日期 deposition_date1994-01-07
结构标题 titleINTERACTION OF A LEGUME LECTIN WITH THE N2 FRAGMENT OF HUMAN LACTOTRANSFERRIN OR WITH THE ISOLATED BIANTENNARY GLYCOPEPTIDE: ROLE OF THE FUCOSE MOIETY
关键词 keywordsCOMPLEX(LECTIN-TRANSFERRIN), COMPLEX(LECTIN-TRANSFERRIN) complex; COMPLEX(LECTIN/TRANSFERRIN)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.95
零角强度 I(0) i032605700.00
分子量 molecular_weight44217.0 kDa
排除体积 excluded_volume55216 ų
包络体积 envelope_volume66360 ų
水化壳体积 shell_volume22355 ų
包络直径 envelope_diameter98.8
壳层 Rg shell_rg31.64
包络 Rg envelope_rg26.96
形状 Rg shape_rg26.95
总 Rg total_rg27.47
总原子数 total_atoms3119
残基数 n_residues387
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.7
Rg (实空间) rg_real27.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real3.2610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8112
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.2
偏度 Skewness skewness0.556
峰度 Kurtosis kurtosis-0.346
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5786000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.701; Smooth: 0.829

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1lgb.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd1lgbc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.2 — Transferrin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1lgbA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id1lgbC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)