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1lru

Crystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDE DEFORMYLASE

Escherichia coli

UniProt P0A6K3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ACTINONIN × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ACTINONIN × 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 ACTINONIN × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 ACTINONIN × 2 SULFATE ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1bs4 1bs4 1bs4 1bs5 1bs5 1bs5 1bs7 1bs7 1bs7 1bsj 1bsk 1bsz

共 44 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1lru

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1icj

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
1bs6 1bs6 1bs6 1bs8 1bs8 1bs8 4v5b 6izi 7d6z 7d80

共 10 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DEF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 C； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lru
沉积日期 deposition_date2002-05-16
结构标题 titleCrystal Structure of E.coli Peptide Deformylase Complexed with Antibiotic Actinonin
关键词 keywordsACTINONIN, INHIBITION, POLYPEPTIDE DEFORMYLASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lru__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lru__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）16.78 Å
Rg（电子密度）15.53 Å
总 Rg16.55 Å
原子数1312
残基数164
排除体积23518 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1lru__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1lru__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1lru__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1lru__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1lrua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamilyd.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family familyd.167.1.1 — Peptide deformylase
结构域编号 domain_idd1lrub_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamilyd.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family familyd.167.1.1 — Peptide deformylase
结构域编号 domain_idd1lruc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.167 — Peptide deformylase
超家族 Superfamily superfamilyd.167.1 — Peptide deformylase
家族 Family familyd.167.1.1 — Peptide deformylase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1lruA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptide deformylase
结构域编号 domain_id1lruB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptide deformylase
结构域编号 domain_id1lruC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptide deformylase
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7. 引用文献 (1)