SAXSdb — 1lws

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDONUCLEASE PI-SCEI

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 284–737	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PI-SceI DNA recognition region top strand × 1 PI-SceI DNA recognition region bottom strand × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 200, na hepes, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LWS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DFA CRYSTAL STRUCTURE OF PI-SCEI IN C2 SPACE GROUP 提交 1999-11-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–737（454 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；323 K；20% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL, 100MM KCL, 200MM MGCL2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.280
1GPP Crystal structure of the S.cerevisiae Homing Endonuclease PI-SceI Domain I 提交 2001-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–466（183 aa）片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999 链 A 693–736（44 aa）片段：PROTEIN SPLICING DOMAIN, RESIDUES 284-466,693-736, SEE REMARK 999	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；30 % PEG4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M NH4-ACETATE	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 274–747（474 aa）片段：RESIDUES 274-747	突变：C284S/H362N/N737S/C738S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1JVA CRYSTAL STRUCTURE OF THE VMA1-DERIVED ENDONUCLEASE BEARING THE N AND C EXTEIN PROPEPTIDES 提交 2001-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 274–747（474 aa）片段：RESIDUES 274-747	突变：C284S/H362N/N737S/C738S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG6000, BisTrisHCl, mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1LWT Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its substrate DNA (Ca2+ free) 提交 2002-06-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 284–737（454 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 3550, na citrate, ammonium acetate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 284–737（454 aa）链 C 274–283（10 aa）链 C 738–747（10 aa）	突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
1UM2 Crystal Structure of the Vma1-Derived Endonuclease with the Ligated Extein Segment 提交 2003-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 284–737（454 aa）链 D 274–283（10 aa）链 D 738–747（10 aa）	突变：C284S, H362N 突变：C738S 突变：C738S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, BistrisHCl, 2-mercaptoethanol, magnesium chloride, cadmium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.283
1VDE PI-SCEI, A HOMING ENDONUCLEASE WITH PROTEIN SPLICING ACTIVITY 提交 1997-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 284–737（454 aa）链 B 284–737（454 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；4% PEG 6K, 10MM BME, 3MM CDCL2, 1MM MGCL2, 100MM TRIS, PH=8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.238
3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 6.90 Å
3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 7.60 Å
3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 C 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 2–283（282 aa）片段：SEE REMARK 999 链 E 738–1071（334 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside cryo-EM玻璃化条件 Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).	分辨率 8.30 Å
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–283（283 aa）链 A 738–1071（334 aa）链 B 1–283（283 aa）链 B 738–1071（334 aa）链 C 1–283（283 aa）链 C 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5BW9 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 a 1–283（283 aa）链 a 738–1071（334 aa）链 b 1–283（283 aa）链 b 738–1071（334 aa）链 c 1–283（283 aa）链 c 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROFLUIDIC；pH 7.5；291 K；9.5 % PEG 8k, 150mM Ammonium Sulfate, 100mM HEPES, 12.5mM MgCl2	分辨率 7.00 Å R-free 0.309
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–283（283 aa）链 A 738–1071（334 aa）链 B 1–283（283 aa）链 B 738–1071（334 aa）链 C 1–283（283 aa）链 C 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5D80 Crystal Structure of Yeast V1-ATPase in the Autoinhibited Form 提交 2015-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 a 1–283（283 aa）链 a 738–1071（334 aa）链 b 1–283（283 aa）链 b 738–1071（334 aa）链 c 1–283（283 aa）链 c 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；8.25% PEG 8000, 0.25 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.05 M Strontium Chloride	分辨率 6.20 Å R-free 0.302
5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 A 1–283（283 aa）链 A 738–1071（334 aa）链 C 1–283（283 aa）链 C 738–1071（334 aa）链 E 1–283（283 aa）链 E 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.80 Å
5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 A 1–283（283 aa）链 A 738–1071（334 aa）链 C 1–283（283 aa）链 C 738–1071（334 aa）链 E 1–283（283 aa）链 E 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.90 Å
5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 A 1–283（283 aa）链 A 738–1071（334 aa）链 C 1–283（283 aa）链 C 738–1071（334 aa）链 E 1–283（283 aa）链 E 738–1071（334 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.60 Å
9COP Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 1–1071（1071 aa）链 E 1–1071（1071 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 284–737

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lws
沉积日期 deposition_date	2002-06-03
结构标题 title	Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its recognition sequence
关键词 keywords	homing endonuclease, intein, protein-DNA complex, endonuclease, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.67 Å
零角强度 I(0) i0	111253000.00
分子量 molecular_weight	69281.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80446 Å³
包络体积 envelope_volume	105740 Å³
水化壳体积 shell_volume	31870 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.51 Å
包络 Rg envelope_rg	28.96 Å
形状 Rg shape_rg	28.59 Å
总 Rg total_rg	29.32 Å
总原子数 total_atoms	4756
残基数 n_residues	487
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6623
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.065
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9291000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PI-SceI DNA recognition region top strand
分子量 formula_weight	11599.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4756

CTCTATGTCGGGTGCGGAGAAAGAGGTAATGAAATGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PI-SceI DNA recognition region bottom strand
分子量 formula_weight	11172.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCCATTTCATTACCTCTTTCTCCGCACCCGACATAGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ENDONUCLEASE PI-SCEI
分子量 formula_weight	51379.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

CFAKGTNVLMADGSIECIENIEVGNKVMGKDGRPREVIKLPRGRETMYSVVQKSQHRAHKSDSSREVPELLKFTCNATHELVVRTPRSVRRLSRTIKGVEYFEVITFEMGQKKAPDGRIVELVKEVSKSYPISEGPERANELVESYRKASNKAYFEWTIEARDLSLLGSHVRKATYQTYAPILYENDHFFDYMQKSKFHLTIEGPKVLAYLLGLWIGDGLSDRATFSVDSRDTSLMERVTEYAEKLNLCAEYKDRKEPQVAKTVNLYSKVVRGNGIRNNLNTENPLWDAIVGLGFLKDGVKNIPSFLSTDNIGTRETFLAGLIDSDGYVTDEHGIKATIKTIHTSVRDGLVSLARSLGLVVSVNAEPAKVDMNGTKHKISYAIYMSGGDVLLNVLSKCAGSKKFRPAPAAAFARECRGFYFELQELKEDDYYGITLSDDSDHQFLLANQVVVHN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1lwsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.86 — Hedgehog/intein (Hint) domain
超家族 Superfamily superfamily	b.86.1 — Hedgehog/intein (Hint) domain
家族 Family family	b.86.1.2 — Intein (protein splicing domain)

结构域编号 domain_id	d1lwsa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.2 — Intein endonuclease

结构域编号 domain_id	d1lwsa3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.2 — Intein endonuclease

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1lwsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	16 — Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hedgehog/Intein (Hint) domain

结构域编号 domain_id	1lwsA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1lwsA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	123.000 Å
晶胞边长 b length_b	123.000 Å
晶胞边长 c length_c	211.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	24.920 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2870
R_free r_free	0.3100

fit	/app/data/saxs_computation/lw/1lws/1lws.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lw/1lws/1lws.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lw/1lws/1lws.dat

Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its recognition sequence

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDONUCLEASE PI-SCEI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)