SAXSdb — 1m0f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid Protein F

Enterobacteria phage alpha3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Scaffolding protein D × 240 Major Spike Protein G × 60 （P31281） Scaffolding Protein B × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Scaffolding protein D × 4 Major Spike Protein G × 1 （P31281） Scaffolding Protein B × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Scaffolding protein D × 20 Major Spike Protein G × 5 （P31281） Scaffolding Protein B × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Scaffolding protein D × 24 Major Spike Protein G × 6 （P31281） Scaffolding Protein B × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Scaffolding protein D × 4 Major Spike Protein G × 1 （P31281） Scaffolding Protein B × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1M0F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：80-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGF_BPAL3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

Major Spike Protein G

Enterobacteria phage alpha3

UniProt P31281

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Scaffolding protein D × 240 Capsid Protein F × 60 （P08767） Scaffolding Protein B × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Scaffolding protein D × 4 Capsid Protein F × 1 （P08767） Scaffolding Protein B × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Scaffolding protein D × 20 Capsid Protein F × 5 （P08767） Scaffolding Protein B × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Scaffolding protein D × 24 Capsid Protein F × 6 （P08767） Scaffolding Protein B × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Scaffolding protein D × 4 Capsid Protein F × 1 （P08767） Scaffolding Protein B × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1M0F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：80-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGG_BPAL3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m0f
沉积日期 deposition_date	2002-06-12
结构标题 title	Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy
关键词 keywords	Bacteriophage, Cryo Electron Microscopy, Procapsid, morphogenesis, microviridae, assembly, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.83 Å
零角强度 I(0) i0	263696000.00
分子量 molecular_weight	131960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161370 Å³
包络体积 envelope_volume	144450 Å³
水化壳体积 shell_volume	36916 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.13 Å
包络 Rg envelope_rg	32.48 Å
形状 Rg shape_rg	34.87 Å
总 Rg total_rg	35.06 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	263700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.049
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	31480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.958

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Scaffolding protein D
分子量 formula_weight	16953.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	1179

MSQVTEQSVRFQTALASIKLIQASAVLDLTEDDFDFLTSNKVWIATDRSRARRCVEACVYGTLDFVGYPRFPAPVEFIAAVIAYYVHPVNIQTACLIMEGAEFTENIINGVERPVKAAELFAFTLRVRAGNTDVLTDAEENVRQKLRAEGVM

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid Protein F
分子量 formula_weight	49294.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSNVQTSAEREIVDLSHLAFDCGMLGRLKTVSWTPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSKVDFFTFYIPHRHVYGDQWIQFMRDGVNAQPLPSVTCNRYPDHAGYVGTIVPANNRIPKFLHQSYLNIYNNYFRAPWMPERTEANPSNLNEDDARYGFRCCHLKNIWSAPLPPETKLAEEMGIESNSIDIMGLQAAYAQLHTEQERTYFMQRYRDVISSFGGSTSYDADNRPLLVMHTDFWASGYDVDGTDQSSLGQFSGRVQQTFKHSVPRFFVPEHGVMMTLALIRFPPISPLEHHYLAGKSQLTYTDLAGDPALIGNLPPREISYRDLFRDGRSGIKIKVAESIWYRTHPDYVNFKYHDLHGFPFLDDAPGTSTGDNLQEAILVRHQDYDACFQSQQLLQWNKQARYNVSVYRHMPTVRDSIMTS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Major Spike Protein G
分子量 formula_weight	19599.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MYQNFVTKHDTAIQTSRFSVTGNVIPAAPTGNIPVINGGSITAERAVVNLYANMNVSTSSDGSFIVAMKVDTSPTDPNCVISAGVNLSFAGTSYPIVGIVRFESASEQPTSIAGSEVEHYPIEMSVGSGGVCSARDCATVDIHPRTSGNNVFVGVICSSAKWTSGRVIGTIATTQVIHEYQVLQPLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Scaffolding Protein B
分子量 formula_weight	8150.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEQLTKNQRKKRDEIEAGKSYCSRRFGGATCDDKSAQIYARFDKNDWRIQPAEFYRFHDAEVNTFGYF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1m0f1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0fb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0ff_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0fg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Model based polar fourier transform (Projection matching).
颗粒数 num_particles	2378

fit	/app/data/saxs_computation/m0/1m0f/1m0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/1m0f/1m0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/1m0f/1m0f.dat

Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid Protein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major Spike Protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)