SAXSdb — 1m06

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m06
沉积日期 deposition_date	2002-06-12
结构标题 title	Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography
关键词 keywords	;Bacteriophage, three-dimensional structure, virion, morphogenesis, phiX174, assembly, microviridae, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX ;; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.83 Å
零角强度 I(0) i0	89569900.00
分子量 molecular_weight	72507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89740 Å³
包络体积 envelope_volume	119570 Å³
水化壳体积 shell_volume	33611 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.19 Å
包络 Rg envelope_rg	31.38 Å
形状 Rg shape_rg	30.78 Å
总 Rg total_rg	31.47 Å
总原子数 total_atoms	5093
残基数 n_residues	633
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8786
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.404
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.918

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid Protein
分子量 formula_weight	49294.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	5093

MSNVQTSAEREIVDLSHLAFDCGMLGRLKTVSWTPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSKVDFFTFYIPHRHVYGDQWIQFMRDGVNAQPLPSVTCNRYPDHAGYVGTIVPANNRIPKFLHQSYLNIYNNYFRAPWMPERTEANPSNLNEDDARYGFRCCHLKNIWSAPLPPETKLAEEMGIESNSIDIMGLQAAYAQLHTEQERTYFMQRYRDVISSFGGSTSYDADNRPLLVMHTDFWASGYDVDGTDQSSLGQFSGRVQQTFKHSVPRFFVPEHGVMMTLALIRFPPISPLEHHYLAGKSQLTYTDLAGDPALIGNLPPREISYRDLFRDGRSGIKIKVAESIWYRTHPDYVNFKYHDLHGFPFLDDAPGTSTGDNLQEAILVRHQDYDACFQSQQLLQWNKQARYNVSVYRHMPTVRDSIMTS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Major spike protein
分子量 formula_weight	19599.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MYQNFVTKHDTAIQTSRFSVTGNVIPAAPTGNIPVINGGSITAERAVVNLYANMNVSTSSDGSFIVAMKVDTSPTDPNCVISAGVNLSFAGTSYPIVGIVRFESASEQPTSIAGSEVEHYPIEMSVGSGGVCSARDCATVDIHPRTSGNNVFVGVICSSAKWTSGRVIGTIATTQVIHEYQVLQPLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849

Entity 3 polymer

描述 description	Small core protein
分子量 formula_weight	2831.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKKARRSPSRRKGARLWYVGGSQF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849

Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR)P(3DR))-3'
分子量 formula_weight	1756.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

NNNNNNNNNN

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1m06f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1m06g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1m06F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	1m06G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	290.258 Å
晶胞边长 b length_b	332.115 Å
晶胞边长 c length_c	337.698 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	82.450 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/m0/1m06/1m06.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/1m06/1m06.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/1m06/1m06.dat

Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)