SAXSdb — 1m0f

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m0f
沉积日期 deposition_date	2002-06-12
结构标题 title	Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy
关键词 keywords	Bacteriophage, Cryo Electron Microscopy, Procapsid, morphogenesis, microviridae, assembly, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.83 Å
零角强度 I(0) i0	263696000.00
分子量 molecular_weight	131960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161370 Å³
包络体积 envelope_volume	144450 Å³
水化壳体积 shell_volume	36916 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.13 Å
包络 Rg envelope_rg	32.48 Å
形状 Rg shape_rg	34.87 Å
总 Rg total_rg	35.06 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	263700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.049
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	31480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.958

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Scaffolding protein D
分子量 formula_weight	16953.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	1179

MSQVTEQSVRFQTALASIKLIQASAVLDLTEDDFDFLTSNKVWIATDRSRARRCVEACVYGTLDFVGYPRFPAPVEFIAAVIAYYVHPVNIQTACLIMEGAEFTENIINGVERPVKAAELFAFTLRVRAGNTDVLTDAEENVRQKLRAEGVM

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid Protein F
分子量 formula_weight	49294.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSNVQTSAEREIVDLSHLAFDCGMLGRLKTVSWTPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSKVDFFTFYIPHRHVYGDQWIQFMRDGVNAQPLPSVTCNRYPDHAGYVGTIVPANNRIPKFLHQSYLNIYNNYFRAPWMPERTEANPSNLNEDDARYGFRCCHLKNIWSAPLPPETKLAEEMGIESNSIDIMGLQAAYAQLHTEQERTYFMQRYRDVISSFGGSTSYDADNRPLLVMHTDFWASGYDVDGTDQSSLGQFSGRVQQTFKHSVPRFFVPEHGVMMTLALIRFPPISPLEHHYLAGKSQLTYTDLAGDPALIGNLPPREISYRDLFRDGRSGIKIKVAESIWYRTHPDYVNFKYHDLHGFPFLDDAPGTSTGDNLQEAILVRHQDYDACFQSQQLLQWNKQARYNVSVYRHMPTVRDSIMTS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Major Spike Protein G
分子量 formula_weight	19599.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MYQNFVTKHDTAIQTSRFSVTGNVIPAAPTGNIPVINGGSITAERAVVNLYANMNVSTSSDGSFIVAMKVDTSPTDPNCVISAGVNLSFAGTSYPIVGIVRFESASEQPTSIAGSEVEHYPIEMSVGSGGVCSARDCATVDIHPRTSGNNVFVGVICSSAKWTSGRVIGTIATTQVIHEYQVLQPLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Scaffolding Protein B
分子量 formula_weight	8150.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEQLTKNQRKKRDEIEAGKSYCSRRFGGATCDDKSAQIYARFDKNDWRIQPAEFYRFHDAEVNTFGYF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage alpha3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10849
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1m0f1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0f4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0fb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0ff_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1m0fg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Model based polar fourier transform (Projection matching).
颗粒数 num_particles	2378

fit	/app/data/saxs_computation/m0/1m0f/1m0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/1m0f/1m0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/1m0f/1m0f.dat

Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)