SAXSdb — 1rb8

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rb8
沉积日期 deposition_date	2003-11-03
结构标题 title	The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments.
关键词 keywords	;bacteriophage alpha3, bacteriophage phiX174, bacteriophage alpha3 chimera, alpha3, phiX174, three-dimentional structure, virion, Microviridae, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX ;; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.04 Å
零角强度 I(0) i0	90483000.00
分子量 molecular_weight	72731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89959 Å³
包络体积 envelope_volume	122000 Å³
水化壳体积 shell_volume	34080 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.50 Å
包络 Rg envelope_rg	31.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.96 Å
总 Rg total_rg	31.74 Å
总原子数 total_atoms	5112
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.936

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	49294.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	5112

MSNVQTSAEREIVDLSHLAFDCGMLGRLKTVSWTPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSKVDFFTFYIPHRHVYGDQWIQFMRDGVNAQPLPSVTCNRYPDHAGYVGTIVPANNRIPKFLHQSYLNIYNNYFRAPWMPERTEANPSNLNEDDARYGFRCCHLKNIWSAPLPPETKLAEEMGIESNSIDIMGLQAAYAQLHTEQERTYFMQRYRDVISSFGGSTSYDADNRPLLVMHTDFWASGYDVDGTDQSSLGQFSGRVQQTFKHSVPRFFVPEHGVMMTLALIRFPPISPLEHHYLAGKSQLTYTDLAGDPALIGNLPPREISYRDLFRDGRSGIKIKVAESIWYRTHPDYVNFKYHDLHGFPFLDDAPGTSTGDNLQEAILVRHQDYDACFQSQQLLQWNKQARYNVSVYRHMPTVRDSIMTS

Entity 2 polymer

描述 description	Major spike protein
分子量 formula_weight	19599.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MYQNFVTKHDTAIQTSRFSVTGNVIPAAPTGNIPVINGGSITAERAVVNLYANMNVSTSSDGSFIVAMKVDTSPTDPNCVISAGVNLSFAGTSYPIVGIVRFESASEQPTSIAGSEVEHYPIEMSVGSGGVCSARDCATVDIHPRTSGNNVFVGVICSSAKWTSGRVIGTIATTQVIHEYQVLQPLK

Entity 3 polymer

描述 description	Small core protein
分子量 formula_weight	4107.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

SKGKKRSGARPGRPQPLRGTKGKRKGARLWYVGGQQF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage phiX174
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CAAA

Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	307.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rb8f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1rb8g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rb8F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	1rb8G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

7. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	295.143 Å
晶胞边长 b length_b	295.143 Å
晶胞边长 c length_c	678.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	180

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	92.910 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/rb/1rb8/1rb8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/1rb8/1rb8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/1rb8/1rb8.dat

The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)