SAXSdb — 1rb8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 60 （P31281） Small core protein × 60 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 60 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 1 （P31281） Small core protein × 1 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
3	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 5 （P31281） Small core protein × 5 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 5 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
4	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 6 （P31281） Small core protein × 6 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 6 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
5	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 1 （P31281） Small core protein × 1 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
6	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 60 DNA 20 PDB 声明：80-meric（80）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–431	未记录	Major spike protein × 20 （P31281） Small core protein × 20 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 20 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RB8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGF_BPAL3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

Major spike protein

物种未注明

UniProt P31281

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 60 （P08767） Small core protein × 60 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 60 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 1 （P08767） Small core protein × 1 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
3	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 5 （P08767） Small core protein × 5 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 5 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
4	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 6 （P08767） Small core protein × 6 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 6 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
5	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 1 （P08767） Small core protein × 1 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
6	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 60 DNA 20 PDB 声明：80-meric（80）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–187	未记录	Capsid protein × 20 （P08767） Small core protein × 20 （P69592） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 20 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RB8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M06 Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, X-Ray Crystallography 提交 2002-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；318.15 K；3-5% PEG8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 1 mM EDTA, 300 mM NaCl, 0.1 mM-mercapto-ethanol, and 0.02 % sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 318.15K	分辨率 3.50 Å R-free 0.234
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å
1M0F Structural Studies of Bacteriophage alpha3 Assembly, Cryo-electron microscopy 提交 2002-06-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–187（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris and 1 mM EDTA；pH 7.5；10 mM Tris and 1 mM EDTA	分辨率 16.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGG_BPAL3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

Small core protein

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P69592

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 60 （P08767） Major spike protein × 60 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 60 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 1 （P08767） Major spike protein × 1 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
3	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 5 （P08767） Major spike protein × 5 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 5 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
4	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 6 （P08767） Major spike protein × 6 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 6 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
5	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 1 （P08767） Major spike protein × 1 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 1 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
6	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 60 DNA 20 PDB 声明：80-meric（80）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–37	未记录	Capsid protein × 20 （P08767） Major spike protein × 20 （P31281） ;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ; × 20 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RB8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 3 2–38（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
9K3M The structure of Microviridae PJNS001 提交 2024-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 AC 1–38（38 aa）链 AF 1–38（38 aa）链 BA 1–38（38 aa）链 BD 1–38（38 aa）链 C 1–38（38 aa）链 CB 1–38（38 aa）链 CE 1–38（38 aa）链 DC 1–38（38 aa）链 DF 1–38（38 aa）链 EA 1–38（38 aa）链 ED 1–38（38 aa）链 FB 1–38（38 aa）链 FE 1–38（38 aa）链 GC 1–38（38 aa）链 GF 1–38（38 aa）链 H 1–38（38 aa）链 HA 1–38（38 aa）链 HD 1–38（38 aa）链 IB 1–38（38 aa）链 IE 1–38（38 aa）链 J 1–38（38 aa）链 JC 1–38（38 aa）链 JF 1–38（38 aa）链 KA 1–38（38 aa）链 KD 1–38（38 aa）链 L 1–38（38 aa）链 LB 1–38（38 aa）链 LE 1–38（38 aa）链 MC 1–38（38 aa）链 MF 1–38（38 aa）链 NA 1–38（38 aa）链 ND 1–38（38 aa）链 O 1–38（38 aa）链 OB 1–38（38 aa）链 OE 1–38（38 aa）链 PC 1–38（38 aa）链 PF 1–38（38 aa）链 QA 1–38（38 aa）链 QD 1–38（38 aa）链 R 1–38（38 aa）链 RB 1–38（38 aa）链 RE 1–38（38 aa）链 SC 1–38（38 aa）链 SF 1–38（38 aa）链 TA 1–38（38 aa）链 TD 1–38（38 aa）链 UB 1–38（38 aa）链 UE 1–38（38 aa）链 V 1–38（38 aa）链 VC 1–38（38 aa）链 VF 1–38（38 aa）链 WA 1–38（38 aa）链 WD 1–38（38 aa）链 XB 1–38（38 aa）链 XE 1–38（38 aa）链 Y 1–38（38 aa）链 YC 1–38（38 aa）链 YF 1–38（38 aa）链 ZA 1–38（38 aa）链 ZD 1–38（38 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；pH 7.2~7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGJ_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rb8
沉积日期 deposition_date	2003-11-03
结构标题 title	The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments.
关键词 keywords	;bacteriophage alpha3, bacteriophage phiX174, bacteriophage alpha3 chimera, alpha3, phiX174, three-dimentional structure, virion, Microviridae, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX ;; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.04 Å
零角强度 I(0) i0	90483000.00
分子量 molecular_weight	72731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89959 Å³
包络体积 envelope_volume	122000 Å³
水化壳体积 shell_volume	34080 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.50 Å
包络 Rg envelope_rg	31.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.96 Å
总 Rg total_rg	31.74 Å
总原子数 total_atoms	5112
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.936

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	49294.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	5112

MSNVQTSAEREIVDLSHLAFDCGMLGRLKTVSWTPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSKVDFFTFYIPHRHVYGDQWIQFMRDGVNAQPLPSVTCNRYPDHAGYVGTIVPANNRIPKFLHQSYLNIYNNYFRAPWMPERTEANPSNLNEDDARYGFRCCHLKNIWSAPLPPETKLAEEMGIESNSIDIMGLQAAYAQLHTEQERTYFMQRYRDVISSFGGSTSYDADNRPLLVMHTDFWASGYDVDGTDQSSLGQFSGRVQQTFKHSVPRFFVPEHGVMMTLALIRFPPISPLEHHYLAGKSQLTYTDLAGDPALIGNLPPREISYRDLFRDGRSGIKIKVAESIWYRTHPDYVNFKYHDLHGFPFLDDAPGTSTGDNLQEAILVRHQDYDACFQSQQLLQWNKQARYNVSVYRHMPTVRDSIMTS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Major spike protein
分子量 formula_weight	19599.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MYQNFVTKHDTAIQTSRFSVTGNVIPAAPTGNIPVINGGSITAERAVVNLYANMNVSTSSDGSFIVAMKVDTSPTDPNCVISAGVNLSFAGTSYPIVGIVRFESASEQPTSIAGSEVEHYPIEMSVGSGGVCSARDCATVDIHPRTSGNNVFVGVICSSAKWTSGRVIGTIATTQVIHEYQVLQPLK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small core protein
分子量 formula_weight	4107.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

SKGKKRSGARPGRPQPLRGTKGKRKGARLWYVGGQQF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage phiX174
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CAAA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	307.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rb8f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1rb8g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rb8F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	1rb8G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	295.143 Å
晶胞边长 b length_b	295.143 Å
晶胞边长 c length_c	678.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	180

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	92.910 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/rb/1rb8/1rb8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/1rb8/1rb8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/1rb8/1rb8.dat

The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Major spike protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small core protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)