SAXSdb — 2bpa

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bpa
沉积日期 deposition_date	1991-12-03
结构标题 title	ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, SINGLE STRAND, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.60 Å
零角强度 I(0) i0	86739100.00
分子量 molecular_weight	72634.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90507 Å³
包络体积 envelope_volume	126310 Å³
水化壳体积 shell_volume	34566 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.00 Å
包络 Rg envelope_rg	32.15 Å
形状 Rg shape_rg	31.54 Å
总 Rg total_rg	32.29 Å
总原子数 total_atoms	5120
残基数 n_residues	642
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6862
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.096; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.896

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	1497.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5298

AAAAC

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
分子量 formula_weight	48423.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

SNIQTGAERMPHDLSHLGFLAGQIGRLITISTTPVIAGDSFEMDAVGALRLSPLRRGLAIDSTVDIFTFYVPHRHVYGEQWIKFMKDGVNATPLPTVNTTGYIDHAAFLGTINPDTNKIPKHLFQGYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPNELNQDDARYGFRCCHLKNIWTAPLPPETELSRQMTTSTTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDYFMQRYRDVISSFGGKTSYDADNRPLLVMRSNLWASGYDVDGTDQTSLGQFSGRVQQTYKHSVPRFFVPEHGTMFTLALVRFPPTATKEIQYLNAKGALTYTDIAGDPVLYGNLPPREISMKDVFRSGDSSKKFKIAEGQWYRYAPSYVSPAYHLLEGFPFIQEPPSGDLQERVLIRHHDYDQCFQSVQLLQWNSQVKFNVTVYRNLPTTRDSIMTS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage phiX174
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli C

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
分子量 formula_weight	19061.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MFQTFISRHNSNFFSDKLVLTSVTPASSAPVLQTPKATSSTLYFDSLTVNAGNGGFLHCIQMDTSVNAANQVVSVGADIAFDADPKFFACLVRFESSSVPTTLPTAYDVYPLNGRHDGGYYTVKDCVTIDVLPRTPGNNVYVGFMVWSNFTATKCRGLVSLNQVIKEIICLQPLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage phiX174
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli C

Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
分子量 formula_weight	4107.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

SKGKKRSGARPGRPQPLRGTKGKRKGARLWYVGGQQF

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage phiX174
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli C

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bpa1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d2bpa2_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bpa100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	2bpa200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (6)

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晶胞边长 a length_a	305.580 Å
晶胞边长 b length_b	360.780 Å
晶胞边长 c length_c	299.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bp/2bpa/2bpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bp/2bpa/2bpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bp/2bpa/2bpa.dat

ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (6)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)