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2bpa

ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03641

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–426 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–426 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–426 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–426 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 1； UniProt 1–426 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BPA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 F 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-MERIC
链 A 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–426（426 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 27.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGF_BPPHX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P03643

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–175 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–175 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–175 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–175 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–175 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P69592） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BPA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å
1CD3 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1999-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric
链 G 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.50 Å

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGG_BPPHX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)

Enterobacteria phage phiX174

UniProt P69592

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 180 DNA 60 PDB 声明：240-MERIC（240） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–38 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 60 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 60 （P03643） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–38 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
3 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 5 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–38 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 5 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 5 （P03643） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
4 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 18 DNA 6 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–38 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 6 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 6 （P03643） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å
5 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 2–38 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3') ; × 1 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03641） PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174) × 1 （P03643） X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BPA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 360 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
1RB8 The phiX174 DNA binding protein J in two different capsid environments. 提交 2003-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：80-meric
链 J 1–37（37 aa）
未记录 DC 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 120 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；4-7% PEG 8000, 100 mM sodium citrate pH 5.0, 40% glycerol, 0.02% sodium azide, 0.1% beta-mercapto-ethanol, 0.9M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.236
9K3M The structure of Microviridae PJNS001 提交 2024-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 AC 1–38（38 aa）
链 AF 1–38（38 aa）
链 BA 1–38（38 aa）
链 BD 1–38（38 aa）
链 C 1–38（38 aa）
链 CB 1–38（38 aa）
链 CE 1–38（38 aa）
链 DC 1–38（38 aa）
链 DF 1–38（38 aa）
链 EA 1–38（38 aa）
链 ED 1–38（38 aa）
链 FB 1–38（38 aa）
链 FE 1–38（38 aa）
链 GC 1–38（38 aa）
链 GF 1–38（38 aa）
链 H 1–38（38 aa）
链 HA 1–38（38 aa）
链 HD 1–38（38 aa）
链 IB 1–38（38 aa）
链 IE 1–38（38 aa）
链 J 1–38（38 aa）
链 JC 1–38（38 aa）
链 JF 1–38（38 aa）
链 KA 1–38（38 aa）
链 KD 1–38（38 aa）
链 L 1–38（38 aa）
链 LB 1–38（38 aa）
链 LE 1–38（38 aa）
链 MC 1–38（38 aa）
链 MF 1–38（38 aa）
链 NA 1–38（38 aa）
链 ND 1–38（38 aa）
链 O 1–38（38 aa）
链 OB 1–38（38 aa）
链 OE 1–38（38 aa）
链 PC 1–38（38 aa）
链 PF 1–38（38 aa）
链 QA 1–38（38 aa）
链 QD 1–38（38 aa）
链 R 1–38（38 aa）
链 RB 1–38（38 aa）
链 RE 1–38（38 aa）
链 SC 1–38（38 aa）
链 SF 1–38（38 aa）
链 TA 1–38（38 aa）
链 TD 1–38（38 aa）
链 UB 1–38（38 aa）
链 UE 1–38（38 aa）
链 V 1–38（38 aa）
链 VC 1–38（38 aa）
链 VF 1–38（38 aa）
链 WA 1–38（38 aa）
链 WD 1–38（38 aa）
链 XB 1–38（38 aa）
链 XE 1–38（38 aa）
链 Y 1–38（38 aa）
链 YC 1–38（38 aa）
链 YF 1–38（38 aa）
链 ZA 1–38（38 aa）
链 ZD 1–38（38 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；pH 7.2~7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VGJ_BPPHX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 1–37； UniProt 2–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bpa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bpa
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bpa
沉积日期 deposition_date1991-12-03
结构标题 titleATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX, SINGLE STRAND, Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX; Virus/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.60 Å
零角强度 I(0) i086739100.00
分子量 molecular_weight72634.0 kDa
排除体积 excluded_volume90507 ų
包络体积 envelope_volume126310 ų
水化壳体积 shell_volume34566 ų
包络直径 envelope_diameter111.0 Å
壳层 Rg shell_rg37.00 Å
包络 Rg envelope_rg32.15 Å
形状 Rg shape_rg31.54 Å
总 Rg total_rg32.29 Å
总原子数 total_atoms5120
残基数 n_residues642
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.1 Å
Rg (实空间) rg_real32.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real8.6740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86740000.0000
解质量估计 total_estimate0.6862
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3 Å
偏度 Skewness skewness0.353
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10580000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.096; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.896
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bpa1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP
结构域编号 domain_idd2bpa2_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family familyb.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bpa100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Microviridae F protein
结构域编号 domain_id2bpa200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (6)

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9. 文件与曲线 (10)