1m1n

Nitrogenase MoFe protein from Azotobacter vinelandii

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain × 2 （P07329） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain × 2 （P07329） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFD_AZOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 C； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 E； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 G； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

物种未注明

UniProt P07329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain × 2 （P07328） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain × 2 （P07328） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFK_AZOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 D； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 F； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 H； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m1n
沉积日期 deposition_date	2002-06-19
结构标题 title	Nitrogenase MoFe protein from Azotobacter vinelandii
关键词 keywords	atomic resolution, FeMo cofactor, nitrogen fixation, central nitrogen ligand, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m1n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m1n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.52 Å
Rg（电子密度）	37.90 Å
总 Rg	38.31 Å
原子数	16024
残基数	1998
排除体积	285990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m1n__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1m1n__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
分子量 formula_weight	55231.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	37384

TGMSREEVESLIQEVLEVYPEKARKDRNKHLAVNDPAVTQSKKCIISNKKSQPGLMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSRAGRRNYYIGTTGVNAFVTMNFTSDFQEKDIVFGGDKKLAKLIDEVETLFPLNKGISVQSECPIGLIGDDIESVSKVKGAELSKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAVRDWVLGKRDEDTTFASTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRCVAQWSGDGSISEIELTPKVKLNLVHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWMEYNFFGPTKTIESLRAIAAKFDESIQKKCEEVIAKYKPEWEAVVAKYRPRLEGKRVMLYIGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYDRTMKEMGDSTLLYDDVTGYEFEEFVKRIKPDLIGSGIKEKFIFQKMGIPFREMHSWDYSGPYHGFDGFAIFARDMDMTLNNPCWKKLQAPWEASEGAEKVAASA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
分子量 formula_weight	59404.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

SQQVDKIKASYPLFLDQDYKDMLAKKRDGFEEKYPQDKIDEVFQWTTTKEYQELNFQREALTVNPAKACQPLGAVLCALGFEKTMPYVHGSQGCVAYFRSYFNRHFREPVSCVSDSMTEDAAVFGGQQNMKDGLQNCKATYKPDMIAVSTTCMAEVIGDDLNAFINNSKKEGFIPDEFPVPFAHTPSFVGSHVTGWDNMFEGIARYFTLKSMDDKVVGSNKKINIVPGFETYLGNFRVIKRMLSEMGVGYSLLSDPEEVLDTPADGQFRMYAGGTTQEEMKDAPNALNTVLLQPWHLEKTKKFVEGTWKHEVPKLNIPMGLDWTDEFLMKVSEISGQPIPASLTKERGRLVDMMTDSHTWLHGKRFALWGDPDFVMGLVKFLLELGCEPVHILCHNGNKRWKKAVDAILAASPYGKNATVYIGKDLWHLRSLVFTDKPDFMIGNSYGKFIQRDTLHKGKEFEVPLIRIGFPIFDRHHLHRSTTLGYEGAMQILTTLVNSILERLDEETRGMQATDYNHDLVR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER
分子量 formula_weight	789.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE(8)-S(7) CLUSTER
分子量 formula_weight	671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5021

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1m1na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1nb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1nc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1nd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1ne_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1nf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1ng_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d1m1nh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	1m1nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	1m1nC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nD04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	1m1nE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nF04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	1m1nG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nH03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	1m1nH04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

▶

晶胞边长 a length_a	108.310 Å
晶胞边长 b length_b	131.630 Å
晶胞边长 c length_c	159.159 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.160 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1235
R_work r_work	0.1232
R_free r_free	0.1492

Nitrogenase MoFe protein from Azotobacter vinelandii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m1n__assembly_1__model_1

1m1n__assembly_1__model_1 | I(q)

1m1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)

Nitrogenase MoFe protein from Azotobacter vinelandii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m1n__assembly_1__model_1

1m1n__assembly_1__model_1 | I(q)

1m1n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)