SAXSdb — 1m5k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	RNA INHIBITOR SUBSTRATE × 1 RNA HAIRPIN RIBOZYME × 1 CALCIUM ION × 16 CHLORIDE ION × 2 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	RNA INHIBITOR SUBSTRATE × 1 RNA HAIRPIN RIBOZYME × 1 CALCIUM ION × 17 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNRPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100 作者链 F； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m5k
沉积日期 deposition_date	2002-07-09
结构标题 title	Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation
关键词 keywords	HAIRPIN RIBOZYME, CATALYTIC RNA, U1A RNA BINDING PROTEIN DOCKED CONFORMATION, SUBSTRATE INHIBITOR STRAND, TRANSLATION-RNA COMPLEX; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m5k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m5k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.98 Å
Rg（电子密度）	31.83 Å
总 Rg	31.70 Å
原子数	3186
残基数	202
排除体积	48606 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m5k__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1m5k__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA INHIBITOR SUBSTRATE
分子量 formula_weight	6739.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6474

GGCCACCUGACAGUCCUCUCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA HAIRPIN RIBOZYME
分子量 formula_weight	29969.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

GGAGAGAGAAGUCAACCAGAGAAACACACCAACCCAUUGCACUCCGGGUUGGUGGUAUAUUACCUGGUACGGGGGAAACUUCGUGGUGGCCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)
分子量 formula_weight	11498.5 kDa
突变 mutation	Y31H,Q36R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MAVPETRPNHTIYINNLNEKIKKDELKKSLHAIFSRFGQILDILVSRSLKMRGQAFVIFKEVSSATNALRSMQGFPFYDKPMRIQYAKTDSDIIAKMKGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1m5kc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

结构域编号 domain_id	d1m5kf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1m5kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1m5kF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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晶胞边长 a length_a	256.300 Å
晶胞边长 b length_b	44.100 Å
晶胞边长 c length_c	102.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	61.070 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2840

Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m5k__assembly_1__model_1

1m5k__assembly_1__model_1 | I(q)

1m5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of a hairpin ribozyme in the catalytically-active conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m5k__assembly_1__model_1

1m5k__assembly_1__model_1 | I(q)

1m5k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)