1m8h

inducible nitric oxide synthase with 6-nitroindazole bound

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

inducible Nitric oxide synthase

Mus musculus

UniProt P29477

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 65–498 片段:oxygenase domain SO4 SULFATE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 H4B 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN × 2 6NI 6-NITROINDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;Lithium Sulfate, B-octyl-glucodise, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.85 Å R-free 0.294
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 65–498 片段:oxygenase domain HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 H4B 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN × 2 6NI 6-NITROINDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;Lithium Sulfate, B-octyl-glucodise, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.85 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、90 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOS2_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–434; UniProt 65–498 作者链 B; PDB构建体 1–434; UniProt 65–498

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1m8h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1m8h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1m8h
沉积日期 deposition_date2002-07-24
结构标题 titleinducible nitric oxide synthase with 6-nitroindazole bound
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.83
零角强度 I(0) i0143478000.00
分子量 molecular_weight97310.0 kDa
排除体积 excluded_volume121760 ų
包络体积 envelope_volume159670 ų
水化壳体积 shell_volume36949 ų
包络直径 envelope_diameter124.3
壳层 Rg shell_rg41.64
包络 Rg envelope_rg36.50
形状 Rg shape_rg36.81
总 Rg total_rg37.20
总原子数 total_atoms6865
残基数 n_residues825
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.6
Rg (实空间) rg_real37.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real1.4350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6255
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.335
峰度 Kurtosis kurtosis-0.747
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23620000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.761; Smooth: 0.749

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1m8ha_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.174 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
超家族 Superfamily superfamilyd.174.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
家族 Family familyd.174.1.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
结构域编号 domain_idd1m8hb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.174 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
超家族 Superfamily superfamilyd.174.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain
家族 Family familyd.174.1.1 — Nitric oxide (NO) synthase oxygenase domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1m8hA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology340 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1m8hA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology440 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2
结构域编号 domain_id1m8hA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1230 — Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1m8hB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology340 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id1m8hB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology440 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2
结构域编号 domain_id1m8hB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1230 — Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)