1m8m

SOLID-STATE MAS NMR STRUCTURE OF THE A-SPECTRIN SH3 DOMAIN

Method: SOLID-STATE NMR Dmax: 40.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPECTRIN ALPHA CHAIN, BRAIN

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 965–1025 片段:SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN (RESIDUES 965-1025) 无其他共同聚合物 SOLID-STATE NMR NMR测量条件:pH 7.5;280 K;离子强度(mmCIF原始值)SOLID SAMPLE;压力 AMBIENT NMR样品组成:A 200 MM (NH4)2SO4 SOLUTION WAS ADDED TO A 1.15 MM SH3 SOLUTION (PH=3.5) AT A VOLUME RATIO 1:1. THE SOLID SAMPLE WAS OBTAINED BY PRECIPITATION, CHANGING THE PH TO 7.5 IN NH3 ATMOSPHERE. 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTA2_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–62; UniProt 965–1025

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1m8m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1m8m
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1m8m
沉积日期 deposition_date2002-07-25
结构标题 titleSOLID-STATE MAS NMR STRUCTURE OF THE A-SPECTRIN SH3 DOMAIN
关键词 keywordsSOLID-STATE MAS NMR STRUCTURE, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodSOLID-STATE NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.91
零角强度 I(0) i080516300.00
分子量 molecular_weight78486.0 kDa
排除体积 excluded_volume99880 ų
包络体积 envelope_volume17814 ų
水化壳体积 shell_volume11571 ų
包络直径 envelope_diameter42.0
壳层 Rg shell_rg18.98
包络 Rg envelope_rg13.26
形状 Rg shape_rg10.88
总 Rg total_rg11.44
总原子数 total_atoms10224
残基数 n_residues672
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.9
Rg (实空间) rg_real11.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real8.0520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal80520000.0000
解质量估计 total_estimate0.8228
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.0
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.072
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha178900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.580; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1m8ma_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1m8mA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)