SAXSdb — 1mam

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2B-KAPPA YST9.1 FAB (HEAVY CHAIN)

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–98	未记录	IGG2B-KAPPA YST9.1 FAB (LIGHT CHAIN) × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MAM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CIC IDIOTOPE-ANTI-IDIOTOPE FAB-FAB COMPLEX; D1.3-E225 提交 1999-03-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–217（217 aa）片段：FAB IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；12% PEG 800, 75 MILLIMOLAR SODIUM ACETATE PH 4.85 10MGM/ML PROTEIN CONCENTRATION , pH 4.9	分辨率 2.50 Å
1HQ4 STRUCTURE OF NATIVE CATALYTIC ANTIBODY HA5-19A4 提交 2000-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–99（99 aa）片段：VARIABLE REGIONS OF FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；PEG 6000, cadmium chloride, hepes, ph 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1HQ4 STRUCTURE OF NATIVE CATALYTIC ANTIBODY HA5-19A4 提交 2000-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–99（99 aa）片段：VARIABLE REGIONS OF FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；PEG 6000, cadmium chloride, hepes, ph 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1NBV AN AUTOANTIBODY TO SINGLE-STRANDED DNA: COMPARISON OF THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THE UNLIGANDED FAB AND A DEOXYNUCLEOTIDE-FAB COMPLEX 提交 1993-03-16	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1OSP CRYSTAL STRUCTURE OF OUTER SURFACE PROTEIN A OF BORRELIA BURGDORFERI COMPLEXED WITH A MURINE MONOCLONAL ANTIBODY FAB 提交 1996-11-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.295
2RGS FC-fragment of monoclonal antibody IGG2B from Mus musculus 提交 2007-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–334（218 aa）片段：Fc-fragment 链 B 117–334（218 aa）片段：Fc-fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；301 K；20% PEG2000, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.13 Å R-free 0.213
5UBX Crystal structure of a mutant mIgG2b Fc heterodimer in complex with Protein A peptide analog Z34C 提交 2016-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 108–335（228 aa）片段：UNP residues 108-335 链 B 108–335（228 aa）片段：UNP residues 108-335	突变：P307T, Q309L, V370K, K409R 突变：I253D, F405L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；17% PEG 3350, 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 8.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.257
6KRU Crystal structure of mouse IgG2b Fc 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–334（218 aa）链 B 117–334（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG3350, 0.2 M lithium chloride, and 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
6KRU Crystal structure of mouse IgG2b Fc 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 117–334（218 aa）链 D 117–334（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG3350, 0.2 M lithium chloride, and 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
6KRU Crystal structure of mouse IgG2b Fc 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 117–334（218 aa）链 F 117–334（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG3350, 0.2 M lithium chloride, and 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)	分辨率 2.30 Å R-free 0.237
6KRV Crystal structure of mouse IgG2b Fc complexed with B domain of Protein A 提交 2019-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 117–334（218 aa）链 B 117–334（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% (v/v) Tacsimate (pH 7.0)	分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6KRV Crystal structure of mouse IgG2b Fc complexed with B domain of Protein A 提交 2019-08-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–334（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% (v/v) Tacsimate (pH 7.0)	分辨率 3.30 Å R-free 0.250

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCBM_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 120–217； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mam
沉积日期 deposition_date	1992-01-14
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE TO 2.45 A RESOLUTION OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR THE BRUCELLA A CELL WALL POLYSACCHARIDE ANTIGEN
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.46 Å
零角强度 I(0) i0	38534500.00
分子量 molecular_weight	46889.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58107 Å³
包络体积 envelope_volume	71463 Å³
水化壳体积 shell_volume	24526 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.38 Å
包络 Rg envelope_rg	24.09 Å
形状 Rg shape_rg	24.45 Å
总 Rg total_rg	25.25 Å
总原子数 total_atoms	3296
残基数 n_residues	431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9128
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6017000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IGG2B-KAPPA YST9.1 FAB (LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	23772.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3296

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDIYNYLNWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLNQEDMATYICQQGNTLPFTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IGG2B-KAPPA YST9.1 FAB (HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	23156.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVKLVESGGGLVQPGGSLRLSCATSGFTFTDYYMSWVRQPPGKALEWLGFIRNKADGYTTEYSASVKGRFTISRDNSQSILYLQMNTLRAEDSATYYCTRDPYGPAAYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1mamh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mamh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1maml1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1maml2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1mamH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mamH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mamL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mamL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.730 Å
晶胞边长 b length_b	126.820 Å
晶胞边长 c length_c	46.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ma/1mam/1mam.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/1mam/1mam.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/1mam/1mam.dat

CRYSTAL STRUCTURE TO 2.45 A RESOLUTION OF A MONOCLONAL FAB SPECIFIC FOR THE BRUCELLA A CELL WALL POLYSACCHARIDE ANTIGEN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2B-KAPPA YST9.1 FAB (HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)