SAXSdb — 1mb6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

huwentoxin-iv

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–35	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成：5MM HUWENTOXIN-IV MMOL/L PHOSPHATE BUFFER; 90%H2O, 10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MB6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M4X Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；25 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM HWTX-IV, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M4Z Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	突变：A82W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M50 Analysis of the structural and molecular basis of voltage-sensitive sodium channel inhibition by the spider toxin, Huwentoxin-IV (-TRTX-Hh2a). 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：unp residues 53-87	突变：A82K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 2 mM entity, 20 mM sodium phosphate, 150 uM sodium azide, 100 uM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5T3M Solution structure of a triple mutant of HwTx-IV - a potent blocker of Nav1.7 提交 2016-08-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–87（35 aa）片段：residues 53-87	突变：E1G,E4G,Y33W	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] [m3]-HwTx-IV, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
5TLR Solution NMR structure of gHwTx-IV 提交 2016-10-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–87（34 aa）片段：UNP residues 54-87	突变：E56G, Y58W, F85W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 4；283 K；压力 ambient NMR样品组成 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6W6O NaChBac-Nav1.7VSDII chimera and HWTX-IV complex 提交 2020-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 53–87（35 aa）片段：UNP residues 53-87 链 E 53–87（35 aa）片段：UNP residues 53-87 链 G 53–87（35 aa）片段：UNP residues 53-87 链 I 53–87（35 aa）片段：UNP residues 53-87	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 10 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 5 seconds before plunging	分辨率 3.20 Å
7K48 Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV 提交 2020-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 53–87（35 aa）链 F 53–87（35 aa）链 G 53–87（35 aa）链 H 53–87（35 aa）	突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W 突变：E1G, E4G, Y33W	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5-4.0 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXH4_ORNHU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 1–35

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mb6
沉积日期 deposition_date	2002-08-02
结构标题 title	Three dimensional solution structure of huwentoxin-IV by 2D 1H-NMR
关键词 keywords	containing a double-stranded beta-sheet and four beta-turns, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	8.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.01 Å
零角强度 I(0) i0	109546000.00
分子量 molecular_weight	82358.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101150 Å³
包络体积 envelope_volume	12015 Å³
水化壳体积 shell_volume	9202 Å³
包络直径 envelope_diameter	33.8 Å
壳层 Rg shell_rg	16.84 Å
包络 Rg envelope_rg	11.36 Å
形状 Rg shape_rg	9.01 Å
总 Rg total_rg	9.29 Å
总原子数 total_atoms	11280
残基数 n_residues	700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	31.5 Å
Rg (实空间) rg_real	8.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	8.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8395
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	10.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.130
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31530.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.941

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1mb6a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.6 — omega toxin-like
家族 Family family	g.3.6.2 — Spider toxins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	huwentoxin-iv
分子量 formula_weight	4120.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11280

fit	/app/data/saxs_computation/mb/1mb6/1mb6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mb/1mb6/1mb6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mb/1mb6/1mb6.dat

Three dimensional solution structure of huwentoxin-IV by 2D 1H-NMR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

huwentoxin-iv

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)