← 返回搜索
1mbh

MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 34.6 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-MYB

Mus musculus

UniProt P06876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 90–141 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；290 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MBH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GUU CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R1 提交 2002-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–89（52 aa） 片段：R1, RESIDUES 38-89
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；1.6-1.7 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML, CRYSTAL WAS TRANSFORMED TO LOW HUMIDITY FORM AND FLASH COOLED, 1-2% V/V OF GLYCEROL WAS ADDED TO PREVENT THE CRYSTAL CRACKING DURING THE FLASH COOLING
分辨率 1.60 Å R-free 0.223
1GV2 CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2R3 提交 2002-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 89–193（105 aa） 片段：R2R3, RESIDUES 89-193
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；1.6-1.7 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML, CRYSTAL WAS GROWN BY REPEATED MACROSEEDING, TRANSFORMED TO LOW HUMIDITY FORM AND FLASH COOLED, 1-2% V/V OF GLYCEROL WAS ADDED TO SODIUM CITRATE TO PREVENT THE CRYSTAL CRACKING DURING THE FLASH COOLING
分辨率 1.68 Å R-free 0.210
1GV5 CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2 提交 2002-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–141（52 aa） 片段：R2, RESIDUES 90-141
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；297 K；1.65 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K
分辨率 1.58 Å R-free 0.190
1GVD CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2 V103L MUTANT 提交 2002-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–141（52 aa） 片段：R2, RESIDUES 90-141
突变：YES NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；297 K；3.15 M AMMONIUM SULFATE IN 0.05 M MES BUFFER AT PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K
分辨率 1.45 Å R-free 0.195
1H88 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 提交 2001-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 35–193（159 aa） 片段：RESIDUES 35-193
突变：YES NH4 AMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.05 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 10% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M TRIS HCL BUFFER PH 7.5 AT 24 DEGREES C
分辨率 2.80 Å R-free 0.277
1IDY STRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 141–193（53 aa）
突变：P140M, I155L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；283 K
分辨率未提供
1IDZ STRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 141–193（53 aa）
突变：P140M, I155L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；283 K
分辨率未提供
1MBE MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 1 提交 1995-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–89（52 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K
NMR测量条件 pH 6.8；300 K
分辨率未提供
1MBF MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 1 提交 1995-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–89（52 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K
NMR测量条件 pH 6.8；300 K
分辨率未提供
1MBG MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 2 提交 1995-05-19 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–141（52 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K
分辨率未提供
1MBJ MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3 提交 1995-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 142–193（52 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K
NMR测量条件 pH 6.8；300 K
分辨率未提供
1MBK MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3 提交 1995-05-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 142–193（52 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；290 K
NMR测量条件 pH 6.8；300 K
分辨率未提供
1MSE SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES 提交 1995-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 90–193（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；310 K
分辨率未提供
1MSF SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES 提交 1995-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 90–193（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1SB0 Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of c-Myb 提交 2004-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 291–315（25 aa） 片段：transcriptional activation domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；27 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM Tris d11 acetate d4; 50 mM NaCl; 2 mM NaN3; pH 5.5 | 90% H20; 10% D2O
分辨率未提供
2AGH Structural basis for cooperative transcription factor binding to the CBP coactivator 提交 2005-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 291–315（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1
NMR样品组成 0.5-0.8 mM 15N,13C-labeled protein (e.g. CBP) + 3 fold excess of unlabeled binding partners (MYB + MLL), 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MYB + UNLABELED CBP & MYB, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MLL + UNLABELED CBP & MLL, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
分辨率未提供
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
链 C 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide
分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
链 H 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide
分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DNQ HBZ77 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
链 C 284–315（32 aa） 片段：residues 284-315
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, calcium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.229

共 18 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYB_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–52； UniProt 90–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mbh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mbh
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mbh
沉积日期 deposition_date1995-05-19
结构标题 titleMOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 2
关键词 keywordsPROTOONCOGENE PRODUCT, DNA-BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier9.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.14 Å
零角强度 I(0) i01345950000.00
分子量 molecular_weight314620.0 kDa
排除体积 excluded_volume395730 ų
包络体积 envelope_volume15056 ų
水化壳体积 shell_volume10430 ų
包络直径 envelope_diameter38.3 Å
壳层 Rg shell_rg18.09 Å
包络 Rg envelope_rg12.64 Å
形状 Rg shape_rg10.09 Å
总 Rg total_rg10.43 Å
总原子数 total_atoms45250
残基数 n_residues2600
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax34.6 Å
Rg (实空间) rg_real9.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal9.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1346000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8077
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.0 Å
偏度 Skewness skewness-0.185
峰度 Kurtosis kurtosis-0.415
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha140200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.501; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.996
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1mbha_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.3 — Myb/SANT domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1mbhA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
▶

8. 引用文献 (3)

▶

9. 文件与曲线 (10)