SAXSdb — 1mjm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHIONINE REPRESSOR

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–104 链 B； UniProt 1–104	突变：Q44K	HALF CONSENSUS DNA OPERATOR DUPLEX × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + DNA (3.8MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 8-14% P4000, 100MM CITRATE BUFFER, PH 5.0-6.0, 20% GLYCEROL, pH 7.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MJM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMA MET REPRESSOR/DNA COMPLEX + S-ADENOSYL-METHIONINE 提交 1992-08-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.80 Å
1CMB THREE DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI MET REPRESSOR WITH AND WITHOUT COREPRESSOR 提交 1992-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1CMC THREE DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURES OF E. COLI MET REPRESSOR WITH AND WITHOUT COREPRESSOR 提交 1992-08-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1MJ2 METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO A CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE 提交 1998-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）链 C 1–104（104 aa）链 D 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
1MJK METHIONINE REPRESSOR MUTANT APOREPRESSOR (Q44K) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 16-28% PEG 600, 1.5% NAIO4, 100MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0.	分辨率 2.15 Å R-free 0.223
1MJL METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEX WITH THE COREPRESSOR SAM (S-ADENOSYL METHIONINE) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + SAM (1MG/ ML) WAS CRYSTALLIZED FROM 10-30% PEG 600, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 4.6-5.2., pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.197
1MJO METHIONINE HOLOREPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR WITH THE CENTRAL TA STEP MUTATED TO AT 提交 1998-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）链 C 1–104（104 aa）链 D 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + SAM (1MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 28-38% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.0-7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1MJP METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR 提交 1998-01-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 40% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 7.0.	分辨率 3.40 Å R-free 0.309
1MJQ METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE 提交 1998-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）链 C 1–104（104 aa）链 D 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + SAM(1.5MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 28-38% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.0-7.0, 40MM CACL2	分辨率 2.40 Å R-free 0.268
1MJQ METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE 提交 1998-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 G 1–104（104 aa）链 H 1–104（104 aa）链 I 1–104（104 aa）链 J 1–104（104 aa）	突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K 突变：Q44K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN (10MG/ML) + SAM(1.5MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 28-38% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.0-7.0, 40MM CACL2	分辨率 2.40 Å R-free 0.268

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	METJ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mjm
沉积日期 deposition_date	1998-01-30
结构标题 title	METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO HALF OF THE CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION REGULATION, METJ, METHIONINE REPRESSOR, SHEET-HELIX-HELIX, S-ADENOSYL METHIONINE, DNA, COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.04 Å
零角强度 I(0) i0	20504000.00
分子量 molecular_weight	30085.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35844 Å³
包络体积 envelope_volume	43608 Å³
水化壳体积 shell_volume	19318 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.12 Å
包络 Rg envelope_rg	19.25 Å
形状 Rg shape_rg	18.98 Å
总 Rg total_rg	19.96 Å
总原子数 total_atoms	2094
残基数 n_residues	228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7591
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2194000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.319; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HALF CONSENSUS DNA OPERATOR DUPLEX
分子量 formula_weight	3045.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	2271

GAGACGTCTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	METHIONINE REPRESSOR
分子量 formula_weight	12028.6 kDa
突变 mutation	Q44K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

AEWSGEYISPYAEHGKKSEQVKKITVSIPLKVLKILTDERTRRKVNNLRHATNSELLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1mjma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.5 — Met repressor, MetJ (MetR)

结构域编号 domain_id	d1mjmb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.5 — Met repressor, MetJ (MetR)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1mjmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	140 — MET Apo-Repressor, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MET Apo-Repressor, subunit A

结构域编号 domain_id	1mjmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	140 — MET Apo-Repressor, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MET Apo-Repressor, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.960 Å
晶胞边长 b length_b	64.000 Å
晶胞边长 c length_c	114.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	25.400 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2820

fit	/app/data/saxs_computation/mj/1mjm/1mjm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mj/1mjm/1mjm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mj/1mjm/1mjm.dat

METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO HALF OF THE CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHIONINE REPRESSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)