SAXSdb — 1mms

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–140	未记录	23S RIBOSOMAL RNA × 1 CD CADMIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 10 MMC METHYL MERCURY ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–140	未记录	23S RIBOSOMAL RNA × 1 CD CADMIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 9 MMC METHYL MERCURY ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MMS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6	分辨率 18.00 Å
1JQS Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1JQT Fitting of L11 protein in the low resolution cryo-EM map of E.coli 70S ribosome 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1MVR Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome 提交 2002-09-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 L 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 polymix buffer；pH 7.5；polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 12.80 Å
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 2–141（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1	分辨率未提供
1PN7 Coordinates of S12, L11 proteins and P-tRNA, from the 70S X-ray structure aligned to the 70S Cryo-EM map of E.coli ribosome 提交 2003-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1PN8 Coordinates of S12, L11 proteins and E-site tRNA from 70S crystal structure separately fitted into the Cryo-EM map of E.coli 70S.EF-G.GDPNP complex. The atomic coordinates originally from the E-site tRNA were fitted in the position of the hybrid P/E-site tRNA. 提交 2003-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1R2W Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of the 70S ribosome 提交 2003-09-30	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
1R2X Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of EF-Tu ternary complex (GDP.Kirromycin) bound 70S ribosome 提交 2003-09-30	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70SEF-GGDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–71（65 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE	分辨率 11.20 Å
2JQ7 Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA 提交 2007-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1 NMR样品组成 0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2K3F Ribosomal protein L11 from Thermotoga maritima 提交 2008-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 15N] L11, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 8–140（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BL 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mms
沉积日期 deposition_date	1999-04-14
结构标题 title	Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex
关键词 keywords	RNA-PROTEIN COMPLEX, RNA, RIBOSOME, TRANSLOCATION, THIOSTREPTON; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.80 Å
零角强度 I(0) i0	135147000.00
分子量 molecular_weight	62192.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63993 Å³
包络体积 envelope_volume	86110 Å³
水化壳体积 shell_volume	26064 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.27 Å
包络 Rg envelope_rg	28.76 Å
形状 Rg shape_rg	28.93 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	4031
残基数 n_residues	319
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8540
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5586000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.707; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	23S RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	18693.1 kDa
突变 mutation	U1108C
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4173

GCUGGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAGUGCGUAACAGCUCACCAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
分子量 formula_weight	14980.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

AKKVAAQIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVVD

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	METHYL MERCURY ION
分子量 formula_weight	215.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1mmsa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.7 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.7.1 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1mmsa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.47 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.47.1 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain
家族 Family family	d.47.1.1 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1mmsb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.7 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.7.1 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1mmsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1mmsA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1mmsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	63.890 Å
晶胞边长 b length_b	84.260 Å
晶胞边长 c length_c	155.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2540

fit	/app/data/saxs_computation/mm/1mms/1mms.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mm/1mms/1mms.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mm/1mms/1mms.dat

Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)