1mvr

;Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 160.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mvr
沉积日期 deposition_date	2002-09-26
结构标题 title	;Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome ;
关键词 keywords	RF2, Release Complex, Conformational Changes, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.94 Å
零角强度 I(0) i0	45685500.00
分子量 molecular_weight	35756.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36309 Å³
包络体积 envelope_volume	137570 Å³
水化壳体积 shell_volume	24494 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.10 Å
包络 Rg envelope_rg	48.14 Å
形状 Rg shape_rg	52.61 Å
总 Rg total_rg	49.76 Å
总原子数 total_atoms	249
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.9 Å
Rg (实空间) rg_real	52.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6077
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.013
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	4369000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.762; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.428

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	mRNA, triplet codon (A-site)
分子量 formula_weight	873.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	506

UUU

Entity 2 polymer

描述 description	Helix 34 of 16S rRNA
分子量 formula_weight	14465.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

AGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCC

Entity 3 polymer

描述 description	Helix 44 of 16S rRNA
分子量 formula_weight	31208.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAA

Entity 4 polymer

描述 description	Helix 69 of 23S rRNA
分子量 formula_weight	6077.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGCCGUAACUAUAACGGUC

Entity 5 polymer

描述 description	Helix 89 of 23S rRNA
分子量 formula_weight	18996.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGU

Entity 6 polymer

描述 description	Helix 93 of 23S rRNA
分子量 formula_weight	8706.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGU

Entity 7 polymer

描述 description	30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
分子量 formula_weight	14920.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK

Entity 8 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14980.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

AKKVAAQIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVVD

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1mvrl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

结构域编号 domain_id	d1mvro_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

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7. 引用文献 (3)

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空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	12.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Reference Bases Alignment
颗粒数 num_particles	18199

fit	/app/data/saxs_computation/mv/1mvr/1mvr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mv/1mvr/1mvr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mv/1mvr/1mvr.dat

;Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)