1mnn

Structure of the sporulation specific transcription factor Ndt80 bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mnn
沉积日期 deposition_date	2002-09-05
结构标题 title	Structure of the sporulation specific transcription factor Ndt80 bound to DNA
关键词 keywords	IG FOLD, PROTEIN_DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.05 Å
零角强度 I(0) i0	36600600.00
分子量 molecular_weight	41546.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49806 Å³
包络体积 envelope_volume	61447 Å³
水化壳体积 shell_volume	23504 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.82 Å
包络 Rg envelope_rg	22.22 Å
形状 Rg shape_rg	21.99 Å
总 Rg total_rg	22.97 Å
总原子数 total_atoms	2898
残基数 n_residues	318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.307
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4777000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPGPCPGPAPCPAPCPAPAPAPAPAPC)-3'
分子量 formula_weight	4266.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3292

TGCGACACAAAAAC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APGPTPTPTPTPTPGPTPGPTPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	4292.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AGTTTTTGTGTCGC

Entity 3 polymer

描述 description	NDT80 protein
分子量 formula_weight	39163.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MNEMENTVPVLQDDLVSKYERELSTEQEEDTPVILTQLNEDGTTSNYFDKRKLKIAPRSTLQFKVGPPFELVRDYCPVVESHTGRTLDLRIIPRIDRGFDHIDEEWVGYKRNYFTLVSTFETANCDLDTFLKSSFDLLVEDSSVEGRLRVQYFAIKIKAKNDDDDTEINLVQHTAKRDKGPQFCPSVCPLVPSPLPKHQTIREASNVRNITKMKKYDSTFYLHRDHVNYEEYGVDSLLFSYPEDSIQKVARYERVQFASSISVKKPSQQNKHFSLHVILGAVVDPDTFHGENPGIPYDELALKNGSKGMFVYLQEMKTPPLIIRGRSPSNYASSQRITVR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	342

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1mnna_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.7 — DNA-binding domain from NDT80

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1mnnA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1390 — NDT80 DNA-binding domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.143 Å
晶胞边长 b length_b	78.887 Å
晶胞边长 c length_c	161.522 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	81.650 Å
R 因子 r_factor	0.1954
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2064

fit	/app/data/saxs_computation/mn/1mnn/1mnn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mn/1mnn/1mnn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mn/1mnn/1mnn.dat

Structure of the sporulation specific transcription factor Ndt80 bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)