1mr1

Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mothers against decapentaplegic homolog 4

Homo sapiens

UniProt Q13485

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 319–552 片段:MH2 domain Ski oncogene × 1 (P12755) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.85 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 319–552 片段:MH2 domain Ski oncogene × 1 (P12755) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.85 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMAD4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–235; UniProt 319–552 作者链 B; PDB构建体 2–235; UniProt 319–552

Ski oncogene

Homo sapiens

UniProt P12755

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 219–313 片段:Smad4-binding domain Mothers against decapentaplegic homolog 4 × 1 (Q13485) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.85 Å R-free 0.280
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 219–313 片段:Smad4-binding domain Mothers against decapentaplegic homolog 4 × 1 (Q13485) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.85 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SKI_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–99; UniProt 219–313 作者链 D; PDB构建体 5–99; UniProt 219–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mr1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mr1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mr1
沉积日期 deposition_date2002-09-17
结构标题 titleCrystal Structure of a Smad4-Ski Complex
关键词 keywordsSmad, Ski, cancer, TGF-b signaling, protein interaction, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.54
零角强度 I(0) i076241500.00
分子量 molecular_weight66596.0 kDa
排除体积 excluded_volume82579 ų
包络体积 envelope_volume105740 ų
水化壳体积 shell_volume32276 ų
包络直径 envelope_diameter113.4
壳层 Rg shell_rg34.28
包络 Rg envelope_rg28.00
形状 Rg shape_rg27.51
总 Rg total_rg28.31
总原子数 total_atoms4668
残基数 n_residues581
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.3
Rg (实空间) rg_real28.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real7.6240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76240000.0000
解质量估计 total_estimate0.8344
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2
偏度 Skewness skewness0.359
峰度 Kurtosis kurtosis-0.154
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12750000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1mr1a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamilyb.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family familyb.26.1.1 — SMAD domain
结构域编号 domain_idd1mr1b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamilyb.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family familyb.26.1.1 — SMAD domain
结构域编号 domain_idd1mr1c1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.217 — SAND domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.217.1 — SAND domain-like
家族 Family familyd.217.1.2 — SMAD4-binding domain of oncoprotein Ski
结构域编号 domain_idd1mr1c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1mr1d1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.217 — SAND domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.217.1 — SAND domain-like
家族 Family familyd.217.1.2 — SMAD4-binding domain of oncoprotein Ski
结构域编号 domain_idd1mr1d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1mr1A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1mr1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1mr1C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology390 — SAND domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SAND domain-like
结构域编号 domain_id1mr1D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology390 — SAND domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SAND domain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)