SAXSdb — 1mse

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-Myb DNA-Binding Domain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 90–193	未记录	;DNA (5'-D(CPCPTPAPAPCPTPGPAPCPAPCPAPCPAPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPGPTPGPTPGPTPCPAPGPTPTPAPGPG)-3') ; × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；310 K	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MSE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GUU CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R1 提交 2002-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–89（52 aa）片段：R1, RESIDUES 38-89	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；1.6-1.7 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML, CRYSTAL WAS TRANSFORMED TO LOW HUMIDITY FORM AND FLASH COOLED, 1-2% V/V OF GLYCEROL WAS ADDED TO PREVENT THE CRYSTAL CRACKING DURING THE FLASH COOLING	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
1GV2 CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2R3 提交 2002-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 89–193（105 aa）片段：R2R3, RESIDUES 89-193	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；1.6-1.7 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 15 MG/ML, CRYSTAL WAS GROWN BY REPEATED MACROSEEDING, TRANSFORMED TO LOW HUMIDITY FORM AND FLASH COOLED, 1-2% V/V OF GLYCEROL WAS ADDED TO SODIUM CITRATE TO PREVENT THE CRYSTAL CRACKING DURING THE FLASH COOLING	分辨率 1.68 Å R-free 0.210
1GV5 CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2 提交 2002-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–141（52 aa）片段：R2, RESIDUES 90-141	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；297 K；1.65 M SODIUM CITRATE PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K	分辨率 1.58 Å R-free 0.190
1GVD CRYSTAL STRUCTURE OF C-MYB R2 V103L MUTANT 提交 2002-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–141（52 aa）片段：R2, RESIDUES 90-141	突变：YES	NH4 AMMONIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；297 K；3.15 M AMMONIUM SULFATE IN 0.05 M MES BUFFER AT PH 6.8, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML PLUS 10 MM DTT, TEMPERATURE 297 K	分辨率 1.45 Å R-free 0.195
1H88 CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 提交 2001-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 35–193（159 aa）片段：RESIDUES 35-193	突变：YES	NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.05 M AMMONIUM ACETATE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE, 10% V/V MPD, 6% V/V GLYCEROL, 0.05 M TRIS HCL BUFFER PH 7.5 AT 24 DEGREES C	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
1IDY STRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–193（53 aa）	突变：P140M, I155L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；283 K	分辨率未提供
1IDZ STRUCTURE OF MYB TRANSFORMING PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–193（53 aa）	突变：P140M, I155L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；283 K	分辨率未提供
1MBE MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 1 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–89（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K NMR测量条件 pH 6.8；300 K	分辨率未提供
1MBF MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 1 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–89（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K NMR测量条件 pH 6.8；300 K	分辨率未提供
1MBG MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 2 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–141（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K	分辨率未提供
1MBH MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 2 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–141（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K	分辨率未提供
1MBJ MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–193（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K NMR测量条件 pH 6.8；300 K	分辨率未提供
1MBK MOUSE C-MYB DNA-BINDING DOMAIN REPEAT 3 提交 1995-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–193（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K NMR测量条件 pH 6.8；300 K	分辨率未提供
1MSF SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES 提交 1995-01-24	实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 90–193（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1SB0 Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of c-Myb 提交 2004-02-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 291–315（25 aa）片段：transcriptional activation domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；27 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 20 mM Tris d11 acetate d4; 50 mM NaCl; 2 mM NaN3; pH 5.5 \| 90% H20; 10% D2O	分辨率未提供
2AGH Structural basis for cooperative transcription factor binding to the CBP coactivator 提交 2005-07-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 291–315（25 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1 NMR样品组成 0.5-0.8 mM 15N,13C-labeled protein (e.g. CBP) + 3 fold excess of unlabeled binding partners (MYB + MLL), 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O \| 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O NMR样品组成 13C,15N-MYB + UNLABELED CBP & MYB, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O \| 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O NMR样品组成 13C,15N-MLL + UNLABELED CBP & MLL, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O \| 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O	分辨率未提供
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 284–315（32 aa）片段：residues 284-315 链 C 284–315（32 aa）片段：residues 284-315	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide	分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DMX HBZ56 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 284–315（32 aa）片段：residues 284-315 链 H 284–315（32 aa）片段：residues 284-315	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, ammonium iodide	分辨率 2.80 Å R-free 0.301
6DNQ HBZ77 in complex with KIX and c-Myb 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 284–315（32 aa）片段：residues 284-315 链 C 284–315（32 aa）片段：residues 284-315	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, calcium chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.229

共 18 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–105； UniProt 90–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mse
沉积日期 deposition_date	1995-01-24
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES
关键词 keywords	DNA, DOUBLE HELIX, C-MYB DNA-BINDING DOMAIN, PROTOONCOGENE PRODUCT, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.17 Å
零角强度 I(0) i0	10291900.00
分子量 molecular_weight	19415.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22425 Å³
包络体积 envelope_volume	25782 Å³
水化壳体积 shell_volume	14242 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.13 Å
包络 Rg envelope_rg	15.52 Å
形状 Rg shape_rg	15.09 Å
总 Rg total_rg	16.22 Å
总原子数 total_atoms	2513
残基数 n_residues	127
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7908
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.340
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2001000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPAPAPCPTPGPAPCPAPCPAPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4811.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2513

CCTAACTGACACACAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPGPTPGPTPGPTPCPAPGPTPTPAPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4984.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

ATGTGTGTCAGTTAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	C-Myb DNA-Binding Domain
分子量 formula_weight	12676.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLIKGPWTKEEDQRVIKLVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNPEVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1msec1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

结构域编号 domain_id	d1msec2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1mseC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1mseC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/ms/1mse/1mse.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/1mse/1mse.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/1mse/1mse.dat

SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-Myb DNA-Binding Domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)