1mvt

Analysis of Two Polymorphic Forms of a Pyrido[2,3-d]pyrimidine N9-C10 Reverse-Bridge Antifolate Binary Complex with Human Dihydrofolate Reductase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydrofolate Reductase

Homo sapiens

UniProt P00374

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 0–186 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 DTM 2,4-DIAMINO-6-[N-(3',4',5'-TRIMETHOXYBENZYL)-N-METHYLAMINO]PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;298 K;61% ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 88 个其他 PDB 条目、105 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–187; UniProt 0–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mvt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mvt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mvt
沉积日期 deposition_date2002-09-26
结构标题 titleAnalysis of Two Polymorphic Forms of a Pyrido[2,3-d]pyrimidine N9-C10 Reverse-Bridge Antifolate Binary Complex with Human Dihydrofolate Reductase
关键词 keywordsDihydrofolate Reductase, human DHFR, antifolate, N9-C10 reverse bridge pyrolopyrimidine, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.05
零角强度 I(0) i08691920.00
分子量 molecular_weight21884.0 kDa
排除体积 excluded_volume27507 ų
包络体积 envelope_volume31350 ų
水化壳体积 shell_volume16203 ų
包络直径 envelope_diameter53.9
壳层 Rg shell_rg22.25
包络 Rg envelope_rg16.33
形状 Rg shape_rg16.03
总 Rg total_rg17.16
总原子数 total_atoms1539
残基数 n_residues186
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.7
Rg (实空间) rg_real17.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.12
I(0) (实空间) i0_real8.5200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8692000.0000
解质量估计 total_estimate0.6642
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.079
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha8.4620
最高正则化参数 α highest_alpha2675000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 0.933; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.415

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1mvta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.71 — Dihydrofolate reductase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.71.1 — Dihydrofolate reductase-like
家族 Family familyc.71.1.1 — Dihydrofolate reductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1mvtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology430 — Dihydrofolate Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrofolate Reductase, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)