SAXSdb — 1n38

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n38
沉积日期 deposition_date	2002-10-25
结构标题 title	reovirus polymerase lambda3 elongation complex with one phosphodiester bond formed
关键词 keywords	RNA polymerase, right hand configuration, bracelet, TRANSFERASE-RNA COMPLEX; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.27 Å
零角强度 I(0) i0	338892000.00
分子量 molecular_weight	145730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181500 Å³
包络体积 envelope_volume	218960 Å³
水化壳体积 shell_volume	55108 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.65 Å
包络 Rg envelope_rg	31.03 Å
形状 Rg shape_rg	31.27 Å
总 Rg total_rg	32.00 Å
总原子数 total_atoms	10220
残基数 n_residues	1271
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	338900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9051
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.051
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.979

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(PGPC)-3'
分子量 formula_weight	605.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	10485

GC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(APUPUPAPGPC)-3'
分子量 formula_weight	1876.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AUUAGC

Entity 3 polymer

描述 description	Minor core protein lambda 3
分子量 formula_weight	142423.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSSMILTQFGPFIESISGITDQSNDVFEDAAKAFSMFTRSDVYKALDEIPFSDDAMLPIPPTIYTKPSHDSYYYIDALNRVRRKTYQGPDDVYVPNCSIVELLEPHETLTSYGRLSEAIENRAKDGDSQARIATTYGRIAESQARQIKAPLEKFVLALLVAEAGGSLYDPVLQKYDEIPDLSHNCPLWCFREICRHISGPLPDRAPYLYLSAGVFWLMSPRMTSAIPPLLSDLVNLAILQQTAGLDPSLVKLGVQICLHAAASSSYSWFILKTKSIFPQNTLHSMYESLEGGYCPNLEWLEPRSDYKFMYMGVMPLSAKYARSAPSNDKKARELGEKYGLSSVVGELRKRTKTYVKHDFASVRYIRDAMACTSGIFLVRTPTETVLQEYTQSPEIKVPIPQKDWTGPIGEIRILKDTTSSIARYLYRTWYLAAARMAAQPRTWDPLFQAIMRSQYVTARGGSGAALRESLYAINVSLPDFKGLPVKAATKIFQAAQLANLPFSHTSVAILADTSMGLRNQVQRRPRSIMPLNVPQQQVSAPHTLTADYINYHMNLSPTSGSAVIEKVIPLGVYASSPPNQSINIDISACDASITWDFFLSVIMAAIHEGVASSSIGKPFMGVPASIVNDESVVGVRAARPISGMQNMIQHLSKLYKRGFSYRVNDSFSPGNDFTHMTTTFPSGSTATSTEHTANNSTMMETFLTVWGPEHTDDPDVLRLMKSLTIQRNYVCQGDDGLMIIDGTTAGKVNSETIQNDLELISKYGEEFGWKYDIAYDGTAEYLKLYFIFGCRIPNLSRHPIVGKERANSSAEEPWPAILDQIMGVFFNGVHDGLQWQRWIRYSWALCCAFSRQRTMIGESVGYLQYPMWSFVYWGLPLVKAFGSDPWIFSWYMPTGDLGMYSWISLIRPLMTRWMVANGYVTDRCSTVFGNADYRRCFNELKLYQGYYMAQLPRNPKKSGRAASREVREQFTQALSDYLMQNPELKSRVLRGRSEWEKYGAGIIHNPPSLFDVPHKWYQGAQEAAIATREELAEMDETLMRARRHSYSSFSKLLEAYLLVKWRMCEAREPSVDLRLPLCAGIDPLNSDPFLKMVSVGPMLQSTRKYFAQTLFMAKTVSGLDVNAIDSALLRLRTLGADKKALTAQLLMVGLQESEADALAGKIMLQDVNTVQLARVVNLAVPDTWMSLDFDSMFKHHVKLLPKDGRHLNTDIPPRMGWLRAILRFLGAGMVMTATGVAVDIYLEDIHGGGRSLGQRFMTWMRQEGRSA

来源 Source

来源生物 organism	Mammalian orthoreovirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10886
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	;3'-DEOXY-URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	470.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	265

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1n38a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1n38A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1850 — RNA-directed RNA polymerase lambda-3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA-directed RNA polymerase lambda-3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	70.719 Å
晶胞边长 b length_b	85.207 Å
晶胞边长 c length_c	248.473 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.670 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2630

fit	/app/data/saxs_computation/n3/1n38/1n38.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n3/1n38/1n38.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n3/1n38/1n38.dat

reovirus polymerase lambda3 elongation complex with one phosphodiester bond formed

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)