SAXSdb — 1n3f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA endonuclease I-CreI

Chlamydomonas reinhardtii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(CPGPAPAPAPCPTPGPTPCPTPCPGPA)-3' × 2 5'-D(PGPAPCPAPGPTPTPTPCPG-3') × 2 CALCIUM ION × 3 water × 6	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(CPGPAPAPAPCPTPGPTPCPTPCPGPA)-3' × 2 5'-D(PGPAPCPAPGPTPTPTPCPG-3') × 2 CALCIUM ION × 3 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNE1_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 G； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 H； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n3f
沉积日期 deposition_date	2002-10-28
结构标题 title	Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence)
关键词 keywords	Homing, endonuclease, LAGLIDADG, DNA recognition, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n3f__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n3f__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n3f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.39 Å
Rg（电子密度）	23.76 Å
总 Rg	24.48 Å
原子数	3407
残基数	346
排除体积	58220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n3f__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1n3f__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPGPAPAPAPCPTPGPTPCPTPCPGPA)-3'
分子量 formula_weight	4264.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E,I,K
原子数 atom_count	7327

CGAAACTGTCTCGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PGPAPCPAPGPTPTPTPCPG-3')
分子量 formula_weight	3060.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F,J,L

GACAGTTTCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA endonuclease I-CreI
分子量 formula_weight	18722.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H

MNTKYNKEFLLYLAGFVDGDGSIIAQIKPNQSYKFKHQLSLTFQVTQKTQRRWFLDKLVDEIGVGYVRDRGSVSDYILSEIKPLHNFLTQLQPFLKLKQKQANLVLKIIEQLPSAKESPDKFLEVCTWVDQIAALNDSKTRKTTSETVRAVLDSLSEKKKSSP

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	513

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1n3fa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1n3fb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1n3fg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1n3fh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1n3fA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1n3fB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1n3fG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1n3fH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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晶胞边长 a length_a	78.320 Å
晶胞边长 b length_b	76.390 Å
晶胞边长 c length_c	81.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2280

Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA endonuclease I-CreI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n3f__assembly_2__model_1

1n3f__assembly_2__model_1 | I(q)

1n3f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of I-CreI bound to a palindromic DNA sequence II (palindrome of right side of wildtype DNA target sequence)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA endonuclease I-CreI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n3f__assembly_2__model_1

1n3f__assembly_2__model_1 | I(q)

1n3f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)