SAXSdb — 1n6j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2B

Homo sapiens

UniProt Q02080

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	5'-D(APGPCPTPAPTPTPTPAPTPAPAPGPC)-3' × 1 5'-D(GPCPTPTPAPTPAPAPAPTPAPGPCPT)-3' × 1 Calcineurin-binding protein Cabin 1 × 1 （Q9Y6J0） water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEF2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 2–94 作者链 B； PDB构建体 1–93； UniProt 2–94

Calcineurin-binding protein Cabin 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y6J0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	5'-D(APGPCPTPAPTPTPTPAPTPAPAPGPC)-3' × 1 5'-D(GPCPTPTPAPTPAPAPAPTPAPGPCPT)-3' × 1 Myocyte-specific enhancer factor 2B × 2 （Q02080） water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CABIN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–35； UniProt 2156–2190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n6j
沉积日期 deposition_date	2002-11-11
结构标题 title	Structural basis of sequence-specific recruitment of histone deacetylases by Myocyte Enhancer Factor-2
关键词 keywords	MADS-box, Protein-DNA complex, histone deacetylases, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n6j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n6j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.42 Å
Rg（电子密度）	19.09 Å
总 Rg	19.98 Å
原子数	2273
残基数	237
排除体积	38896 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n6j__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`1n6j__assembly_1__model_2`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APGPCPTPAPTPTPTPAPTPAPAPGPC)-3'
分子量 formula_weight	4278.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5002

AGCTATTTATAAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPCPTPTPAPTPAPAPAPTPAPGPCPT)-3'
分子量 formula_weight	4278.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCTTATAAATAGCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Myocyte-specific enhancer factor 2B
分子量 formula_weight	10964.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GRKKIQISRILDQRNRQVTFTKRKFGLMKKAYELSVLCDCEIALIIFNSANRLFQYASTDMDRVLLKYTEYSEPHESRTNTDILETLKRRGIG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Calcineurin-binding protein Cabin 1
分子量 formula_weight	3720.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

TLLSPKGSISEETKQKLKSAILSAQSAANVRKESL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	228

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1n6ja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1n6jb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1n6jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1n6jB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

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晶胞边长 a length_a	70.140 Å
晶胞边长 b length_b	70.140 Å
晶胞边长 c length_c	151.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	28.990 Å
R 因子 r_factor	0.2430
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.2680

Structural basis of sequence-specific recruitment of histone deacetylases by Myocyte Enhancer Factor-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calcineurin-binding protein Cabin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n6j__assembly_1__model_1

1n6j__assembly_1__model_1 | I(q)

1n6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural basis of sequence-specific recruitment of histone deacetylases by Myocyte Enhancer Factor-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Calcineurin-binding protein Cabin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n6j__assembly_1__model_1

1n6j__assembly_1__model_1 | I(q)

1n6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)