1ngm

Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription factor IIIB BRF1 subunit × 1 （P29056）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription factor IIIB BRF1 subunit × 1 （P29056）	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription factor IIIB BRF1 subunit × 1 （P29056）	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription factor IIIB BRF1 subunit × 1 （P29056）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239 作者链 E； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239 作者链 I； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239 作者链 M； PDB构建体 1–180； UniProt 60–239

Transcription factor IIIB BRF1 subunit

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P29056

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription initiation factor TFIID × 1 （P13393）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription initiation factor TFIID × 1 （P13393）	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription initiation factor TFIID × 1 （P13393）	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTPT)-3' × 1 5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAPG)-3' × 1 Transcription initiation factor TFIID × 1 （P13393）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF3B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–72； UniProt 437–506 作者链 F； PDB构建体 3–72； UniProt 437–506 作者链 J； PDB构建体 3–72； UniProt 437–506 作者链 N； PDB构建体 3–72； UniProt 437–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ngm
沉积日期 deposition_date	2002-12-17
结构标题 title	Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, TFIIIB, TBP, BRF, BRF1, TAF, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ngm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ngm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ngm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.39 Å
Rg（电子密度）	23.77 Å
总 Rg	24.52 Å
原子数	2775
残基数	290
排除体积	47552 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ngm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ngm__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ngm__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ngm__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPTPAPTPAPAPAPAPAPAPAPTPGPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	5816.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O
原子数 atom_count	10800

CTATAAAAAAATGTTTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APAPAPAPAPAPCPAPTPTPTPTPTPTPTPAPTPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	5825.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

AAAAAACATTTTTTTATAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcription initiation factor TFIID
分子量 formula_weight	20120.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M

SGIVPTLQNIVATVTLGCRLDLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription factor IIIB BRF1 subunit
分子量 formula_weight	8337.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

GSYCPRNLHLLPTTDTYLSKVSDDPDNLEDVDDEELNAHLLNEEASKLKERIWIGLNADFLLEQESKRLKQE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1ngma1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngma2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmb1
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.104 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
超家族 Superfamily superfamily	j.104.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
家族 Family family	j.104.1.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit

结构域编号 domain_id	d1ngmb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ngme1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngme2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmf1
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.104 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
超家族 Superfamily superfamily	j.104.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
家族 Family family	j.104.1.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit

结构域编号 domain_id	d1ngmf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ngmi1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmi2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmj_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.104 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
超家族 Superfamily superfamily	j.104.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
家族 Family family	j.104.1.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit

结构域编号 domain_id	d1ngmm1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmm2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ngmn_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.104 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
超家族 Superfamily superfamily	j.104.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit
家族 Family family	j.104.1.1 — TBP-binding domain of the transcription factor IIIb Brf1 subunit

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1ngmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1ngmE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1ngmI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1ngmM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1ngmN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Single helix bin

▶

晶胞边长 a length_a	93.610 Å
晶胞边长 b length_b	152.600 Å
晶胞边长 c length_c	256.638 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2780
R_work r_work	0.2760
R_free r_free	0.3080

Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription factor IIIB BRF1 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ngm__assembly_1__model_1

1ngm__assembly_1__model_1 | I(q)

1ngm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription initiation factor TFIID

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription factor IIIB BRF1 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ngm__assembly_1__model_1

1ngm__assembly_1__model_1 | I(q)

1ngm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)