1nh3

Human Topoisomerase I Ara-C Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase I

Homo sapiens

UniProt P11387

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 203–764 片段:Core Subdomain, C-Terminal Domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*(UBB))-3' × 1 5'-D(*(GNG)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*UP*UP*T)-3' × 1 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*UP*UP*UP*UP*CP*(CAR)P*AP*AP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*T)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.7;276 K;Tris, Magnesium Chloride, PEG 400, DTT, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K 分辨率 3.10 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–563; UniProt 203–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nh3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nh3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nh3
沉积日期 deposition_date2002-12-18
结构标题 titleHuman Topoisomerase I Ara-C Complex
关键词 keywordsAra-C, protein-DNA complex, DNA damage, isomerase, ISOMERASE-DNA COMPLEX; ISOMERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.18
零角强度 I(0) i084141300.00
分子量 molecular_weight62513.0 kDa
排除体积 excluded_volume74180 ų
包络体积 envelope_volume103170 ų
水化壳体积 shell_volume32750 ų
包络直径 envelope_diameter86.2
壳层 Rg shell_rg33.68
包络 Rg envelope_rg26.03
形状 Rg shape_rg26.21
总 Rg total_rg26.85
总原子数 total_atoms4361
残基数 n_residues511
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.3
Rg (实空间) rg_real26.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real8.4140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84140000.0000
解质量估计 total_estimate0.9099
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary78.6
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9755000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1nh3a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamilyd.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family familyd.163.1.2 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core
结构域编号 domain_idd1nh3a2
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.15 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
超家族 Superfamily superfamilye.15.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
家族 Family familye.15.1.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1nh3A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily41 — Yeast DNA topoisomerase - domain 1
结构域编号 domain_id1nh3A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology11 — DNA Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA Topoisomerase I, domain 2
结构域编号 domain_id1nh3A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology15 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id1nh3A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)