SAXSdb — 1nju

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Assemblin

Human herpesvirus 5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide ; × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide ; × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide ; × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP40_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 B； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 C； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 D； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nju
沉积日期 deposition_date	2003-01-02
结构标题 title	Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor
关键词 keywords	Protease, Peptidomimetic Inhibitor, Induced-fit, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nju__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nju__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nju__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.38 Å
Rg（电子密度）	24.29 Å
总 Rg	25.07 Å
原子数	3707
残基数	460
排除体积	64834 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nju__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nju__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1nju__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Assemblin
分子量 formula_weight	28130.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.97
突变 mutation	A143Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7392

MTMDEQQSQAVAPVYVGGFLARYDQSPDEAELLLPRDVVEHWLHAQGQGQPSLSVALPLNINHDDTAVVGHVAAMQSVRDGLFCLGCVTSPRFLEIVRRASEKSELVSRGPVSPLQPDKVVEFLSGSYAGLSLSSRRCDDVEQATSLSGSETTPFKHVALCSVGRRRGTLAVYGRDPEWVTQRFPDLTAADRDGLRAQWQRCGSTAVDASGDPFRSDSYGLLGNSVDALYIRERLPKLRYDKQLVGVTERESYVKA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 5
通用名 common_name	Human cytomegalovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide ;
分子量 formula_weight	717.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1njua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njuc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1njuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

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晶胞边长 a length_a	105.460 Å
晶胞边长 b length_b	213.530 Å
晶胞边长 c length_c	52.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.880 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2730

Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Assemblin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nju__assembly_1__model_1

1nju__assembly_1__model_1 | I(q)

1nju__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Assemblin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nju__assembly_1__model_1

1nju__assembly_1__model_1 | I(q)

1nju__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)