SAXSdb — 1nju

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Assemblin

Human herpesvirus 5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–256 链 B； UniProt 1–256	突变：A143Q	0FP N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–256 链 D； UniProt 1–256	突变：A143Q	0FP N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–256 链 B； UniProt 1–256 链 C； UniProt 1–256 链 D； UniProt 1–256	突变：A143Q	0FP N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NJU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMV HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 1996-08-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	突变：V141A, A144P 突变：V141A, A144P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；28-30% MONOMETHYL POLYETHYLENE GLYCOL 550 0.05-0.2 M NACL 10% GLYCEROL 50 MM HEPES AT PH 7.5	分辨率 2.27 Å R-free 0.310
1ID4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SITE MUTANT (H157Q) OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 2001-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256 链 B 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256	突变：A143Q, H157Q 突变：A143Q, H157Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；19% PEG 3350, 0.1M MES 6.0, 15% Glycerol, 5% t-BuOH, 0.4M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1IEC CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SITE MUTANT (H157A) OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 2001-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256 链 B 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256	突变：A143Q, H157A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：A143Q, H157A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；20% PEG3350, 0.1M MES 6.0, 15% GLYCEROL, 5% t-BuOH, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1IED CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SITE MUTANT (H157E) OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 2001-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256 链 B 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256	突变：A143Q, H157E 突变：A143Q, H157E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；21% PEG3350, 0.1M MES 6.0, 15% GLYCEROL, 5% t-BuOH, 0.4M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
1IEF CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SITE MUTANT S134A OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 2001-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256 链 B 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256	突变：A143Q, S134A 突变：A143Q, S134A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；20% PEG3350, 0.1M MES 6.0, 15% GLYCEROL, 5% t-BuOH, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1IEG CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC SITE MUTANT S134A/H157A OF THE HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 2001-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256 链 B 1–256（256 aa）片段：RESIDUES 1-256	突变：A143Q, S134A, H157A 突变：A143Q, S134A, H157A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；19% PEG3350, 0.1M MES 6.0, 15% GLYCEROL, 5% t-BuOH, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
1JQ6 HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE DIMER-INTERFACE MUTANT, S225Y 提交 2001-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：A143Q, S225Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；294 K；PEG 8000, sodium cacodylate, magnesium acetate, glycerol, spermine tetrahydrochloride, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.286
1JQ7 HCMV protease dimer-interface mutant, S225Y complexed to Inhibitor BILC 408 提交 2001-08-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	突变：A143Q, S225Y 突变：A143Q, S225Y	0FP N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 4000, HEPES, sodium chloride, glycerol, spermine tetrahydrochloride, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.339
1LAY CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 1996-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：A143V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NJT COMPLEX STRUCTURE OF HCMV PROTEASE AND A PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 2003-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–256（256 aa）片段：Assemblin 链 B 1–256（256 aa）片段：Assemblin	突变：A143Q 突变：A143Q	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
1NJT COMPLEX STRUCTURE OF HCMV PROTEASE AND A PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 2003-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–256（256 aa）片段：Assemblin 链 D 1–256（256 aa）片段：Assemblin	突变：A143Q 突变：A143Q	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
1NKK COMPLEX STRUCTURE OF HCMV PROTEASE AND A PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 2003-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–256（256 aa）片段：Assemblin 链 B 1–256（256 aa）片段：Assemblin	突变：A143Q, E31R 突变：A143Q, E31R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280
1NKK COMPLEX STRUCTURE OF HCMV PROTEASE AND A PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 2003-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–256（256 aa）片段：Assemblin 链 D 1–256（256 aa）片段：Assemblin	突变：A143Q, E31R 突变：A143Q, E31R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.280
1NKM Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor 提交 2003-01-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	突变：A143Q 突变：A143Q	0FP N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 4000, HEPES, EDTA, Sodium Chloride, Sodium Sulfate, DTT, Spermine_HCl, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
1WPO HYDROLYTIC ENZYME HUMAN CYTOMEGALOVIRUS PROTEASE 提交 1996-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.288
2WPO HCMV protease inhibitor complex 提交 1998-08-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	突变：A143Q, T181M, L229M 突变：A143Q, T181M, L229M	01E (2S)-2-(3,3-dimethylbutanoylamino)-N-[(2S)-1-[[(2S,3S)-3-hydroxy-4-[(4-iodophenyl)methylamino]-4-oxo-butan-2-yl]amino]- 1,4-dioxo-4-pyrrol-1-yl-butan-2-yl]-3,3-dimethyl-butanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.332
2WPO HCMV protease inhibitor complex 提交 1998-08-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–256（256 aa）链 D 1–256（256 aa）	突变：A143Q, T181M, L229M 突变：A143Q, T181M, L229M	01E (2S)-2-(3,3-dimethylbutanoylamino)-N-[(2S)-1-[[(2S,3S)-3-hydroxy-4-[(4-iodophenyl)methylamino]-4-oxo-butan-2-yl]amino]- 1,4-dioxo-4-pyrrol-1-yl-butan-2-yl]-3,3-dimethyl-butanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.332
9Y7L HCMV Protease in complex with Fab5 - Class 1 提交 2025-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：A143V, A209V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM potassium phosphate, 150 mM potassium chloride, pH 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9Y7M HCMV Protease in complex with Fab5 - Class 2 提交 2025-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：A143V, A209V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM potassium phosphate, 150 mM potassium chloride, pH 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
9Y7N HCMV Protease in complex with Fab5 - Class 3 提交 2025-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–256（256 aa）	突变：A143V, A209V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM potassium phosphate, 150 mM potassium chloride, pH 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP40_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 B； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 C； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 D； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nju
沉积日期 deposition_date	2003-01-02
结构标题 title	Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor
关键词 keywords	Protease, Peptidomimetic Inhibitor, Induced-fit, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.06 Å
零角强度 I(0) i0	336434000.00
分子量 molecular_weight	97420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93264 Å³
包络体积 envelope_volume	168660 Å³
水化壳体积 shell_volume	39804 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.26 Å
包络 Rg envelope_rg	35.56 Å
形状 Rg shape_rg	36.04 Å
总 Rg total_rg	36.35 Å
总原子数 total_atoms	7392
残基数 n_residues	917
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	336400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8786
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.666
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Assemblin
分子量 formula_weight	28130.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.97
突变 mutation	A143Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7392

MTMDEQQSQAVAPVYVGGFLARYDQSPDEAELLLPRDVVEHWLHAQGQGQPSLSVALPLNINHDDTAVVGHVAAMQSVRDGLFCLGCVTSPRFLEIVRRASEKSELVSRGPVSPLQPDKVVEFLSGSYAGLSLSSRRCDDVEQATSLSGSETTPFKHVALCSVGRRRGTLAVYGRDPEWVTQRFPDLTAADRDGLRAQWQRCGSTAVDASGDPFRSDSYGLLGNSVDALYIRERLPKLRYDKQLVGVTERESYVKA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 5
通用名 common_name	Human cytomegalovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10359
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-(6-aminohexanoyl)-3-methyl-L-valyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(2S,3S)-3-hydroxy-4-oxo-4-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}butan-2-yl]-N~4~,N~4~-dimethyl-L-aspartamide ;
分子量 formula_weight	717.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1njua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njuc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

结构域编号 domain_id	d1njud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.57 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
超家族 Superfamily superfamily	b.57.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin
家族 Family family	b.57.1.1 — Herpes virus serine proteinase, assemblin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1njuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	1njuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.460 Å
晶胞边长 b length_b	213.530 Å
晶胞边长 c length_c	52.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.880 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/nj/1nju/1nju.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nj/1nju/1nju.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nj/1nju/1nju.dat

Complex structure of HCMV Protease and a peptidomimetic inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Assemblin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction