1nr4

High resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymus and activation-regulated chemokine

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–94 链 B； UniProt 24–94	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；285 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M Sodium acetate, 20% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.72 Å R-free 0.239
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–94 链 D； UniProt 24–94	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；285 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M Sodium acetate, 20% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.72 Å R-free 0.239
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 24–94 链 F； UniProt 24–94	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；285 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M Sodium acetate, 20% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.72 Å R-free 0.239
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 24–94 链 H； UniProt 24–94	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；285 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M Sodium acetate, 20% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.72 Å R-free 0.239
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–94 链 B； UniProt 24–94 链 C； UniProt 24–94 链 D； UniProt 24–94 链 E； UniProt 24–94 链 F； UniProt 24–94 链 G； UniProt 24–94 链 H； UniProt 24–94	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；285 K；0.16M ammonium sulfate, 0.08M Sodium acetate, 20% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.72 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NR4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NR2 High resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine 提交 2003-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；0.17M ammonium acetate, 0.085M trisodium citrate, 25.5% PEG 4000, 15% w/v glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.18 Å R-free 0.299
1NR2 High resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine 提交 2003-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；0.17M ammonium acetate, 0.085M trisodium citrate, 25.5% PEG 4000, 15% w/v glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.18 Å R-free 0.299
5WK3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB 提交 2017-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–94（71 aa）片段：UNP residues 24-94	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；15% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
5WK3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB 提交 2017-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 24–94（71 aa）片段：UNP residues 24-94	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；15% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
5WK3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB 提交 2017-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–94（71 aa）片段：UNP residues 24-94	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；15% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
5WK3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CCL17 AND M116 FAB 提交 2017-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 24–94（71 aa）片段：UNP residues 24-94	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；15% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
7S4N Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；291 K；0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7S4N Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；291 K；0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant)	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
7SCV Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL17 提交 2021-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Na Acet 4.6 pH (Buffer),2 M NaCl (Precipitant)	分辨率 2.01 Å R-free 0.251
8FJ2 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(C8) Complexed to Human Chemokine CCL17 提交 2022-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.3 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.4	分辨率 2.07 Å R-free 0.231
8FJ2 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(C8) Complexed to Human Chemokine CCL17 提交 2022-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4.3 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.4	分辨率 2.07 Å R-free 0.231
8SKK Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(L39P) Complexed to Human Chemokine CCL17 提交 2023-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.211

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 B； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 C； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 D； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 E； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 F； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 G； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 H； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nr4
沉积日期 deposition_date	2003-01-23
结构标题 title	High resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine
关键词 keywords	TARC, chemokine, cytokine, CC-chemokine, chemotaxis; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.17 Å
零角强度 I(0) i0	63118900.00
分子量 molecular_weight	60659.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75305 Å³
包络体积 envelope_volume	114180 Å³
水化壳体积 shell_volume	29696 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.82 Å
包络 Rg envelope_rg	34.38 Å
形状 Rg shape_rg	35.12 Å
总 Rg total_rg	35.55 Å
总原子数 total_atoms	4235
残基数 n_residues	524
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.4 Å
Rg (实空间) rg_real	35.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8586
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.616
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4031000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.745; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1nr4a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1nr4h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1nr4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1nr4H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	44.350 Å
晶胞边长 b length_b	56.525 Å
晶胞边长 c length_c	76.616 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.97 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.74 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.720 Å
最低分辨率 resolution_low	24.920 Å
R 因子 r_factor	0.2011
R_work r_work	0.1992
R_free r_free	0.2390

描述 description	Thymus and activation-regulated chemokine
分子量 formula_weight	8096.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	4882

High resolution crystal structures of thymus and activation-regulated chemokine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymus and activation-regulated chemokine

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	647

fit	/app/data/saxs_computation/nr/1nr4/1nr4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nr/1nr4/1nr4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nr/1nr4/1nr4.dat