1o9a

Solution structure of the complex of 1F12F1 from fibronectin with B3 from FnBB from S. dysgalactiae

Method: SOLUTION NMR Dmax: 74.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRONECTIN

HOMO SAPIENS

UniProt P02751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–140 片段:N-TERMINAL F1 MODULE PAIR, RESIDUES 48-140 FIBRONECTIN BINDING PROTEIN × 1 (Q53971) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5;298 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、103 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FINC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–93; UniProt 48–140

FIBRONECTIN BINDING PROTEIN

物种未注明

UniProt Q53971

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1031–1066 片段:B3 FIBRONECTIN-BINDING REPEAT, RESIDUES 1031-1066 FIBRONECTIN × 1 (P02751) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5;298 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q53971
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–36; UniProt 1031–1066

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1o9a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1o9a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1o9a
沉积日期 deposition_date2002-12-11
结构标题 titleSolution structure of the complex of 1F12F1 from fibronectin with B3 from FnBB from S. dysgalactiae
关键词 keywordsCELL ADHESION-COMPLEX, HOST-PATHOGEN PROTEIN COMPLEX, CELL ADHESION, FIBRONECTIN; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.41
零角强度 I(0) i0675768000.00
分子量 molecular_weight200110.0 kDa
排除体积 excluded_volume242410 ų
包络体积 envelope_volume56987 ų
水化壳体积 shell_volume20880 ų
包络直径 envelope_diameter82.2
壳层 Rg shell_rg29.95
包络 Rg envelope_rg24.19
形状 Rg shape_rg20.40
总 Rg total_rg20.70
总原子数 total_atoms26775
残基数 n_residues1755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.7
Rg (实空间) rg_real20.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real6.7580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal675800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6497
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary14.9
偏度 Skewness skewness0.505
峰度 Kurtosis kurtosis-0.513
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1697000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.414; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.206; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1o9aa1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamilyg.27.1 — FnI-like domain
家族 Family familyg.27.1.1 — Fibronectin type I module
结构域编号 domain_idd1o9aa2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.27 — FnI-like domain
超家族 Superfamily superfamilyg.27.1 — FnI-like domain
家族 Family familyg.27.1.1 — Fibronectin type I module

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1o9aA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id1o9aA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)