1oo9

Orientation in Solution of MMP-3 Catalytic Domain and N-TIMP-1 from Residual Dipolar Couplings

Method: SOLUTION NMR Dmax: 66.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromelysin-1

Homo sapiens

UniProt P08254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 100–267 片段:CATALYTIC DOMAIN Metalloproteinase inhibitor 1 × 1 (P01033) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.6;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.7;307 K;离子强度(mmCIF原始值)20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2;1mM Sodium Azide;压力 ambient NMR样品组成:0.8mM MMP-3 U-15N, 13C; 0.8mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.5mM MMP-3 U-2H, 15N; 0.5mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.66mM N-TIMP-1 U-15N, 13C; 0.66mM MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM MMP-3 (E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol | 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–168; UniProt 100–267

Metalloproteinase inhibitor 1

Homo sapiens

UniProt P01033

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–149 片段:N-TERMINAL DOMAIN Stromelysin-1 × 1 (P08254) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.6;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.7;307 K;离子强度(mmCIF原始值)20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2;1mM Sodium Azide;压力 ambient NMR样品组成:0.8mM MMP-3 U-15N, 13C; 0.8mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.5mM MMP-3 U-2H, 15N; 0.5mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.66mM N-TIMP-1 U-15N, 13C; 0.66mM MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM MMP-3 (E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成:0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol | 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIMP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–126; UniProt 24–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1oo9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1oo9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1oo9
沉积日期 deposition_date2003-03-03
结构标题 titleOrientation in Solution of MMP-3 Catalytic Domain and N-TIMP-1 from Residual Dipolar Couplings
关键词 keywordsPROTEIN-PROTEIN COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.09
零角强度 I(0) i018825600.00
分子量 molecular_weight33076.0 kDa
排除体积 excluded_volume41367 ų
包络体积 envelope_volume49223 ų
水化壳体积 shell_volume20594 ų
包络直径 envelope_diameter68.3
壳层 Rg shell_rg26.42
包络 Rg envelope_rg20.23
形状 Rg shape_rg20.05
总 Rg total_rg21.05
总原子数 total_atoms4526
残基数 n_residues294
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.8
Rg (实空间) rg_real20.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real1.8830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18830000.0000
解质量估计 total_estimate0.8976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary64.9
偏度 Skewness skewness0.276
峰度 Kurtosis kurtosis-0.407
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4147000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1oo9a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1oo9b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.3 — TIMP-like
家族 Family familyb.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1oo9A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1oo9B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)