1ow8

Paxillin LD2 motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Focal adhesion kinase 1

Homo sapiens

UniProt Q05397

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 892–1052 链 B; UniProt 892–1052 链 C; UniProt 892–1052 片段:Focal Adhesion Targeting Paxillin × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;292 K;sodium chloride, glycerol, Hepes, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.85 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、81 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FAK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–161; UniProt 892–1052 作者链 B; PDB构建体 1–161; UniProt 892–1052 作者链 C; PDB构建体 1–161; UniProt 892–1052

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ow8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ow8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ow8
沉积日期 deposition_date2003-03-28
结构标题 titlePaxillin LD2 motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase
关键词 keywords4 helical bundle, amphiphatic helix, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.86
零角强度 I(0) i036958200.00
分子量 molecular_weight49067.0 kDa
排除体积 excluded_volume62188 ų
包络体积 envelope_volume81161 ų
水化壳体积 shell_volume23397 ų
包络直径 envelope_diameter128.3
壳层 Rg shell_rg34.35
包络 Rg envelope_rg33.70
形状 Rg shape_rg33.85
总 Rg total_rg33.93
总原子数 total_atoms3431
残基数 n_residues441
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.6
Rg (实空间) rg_real33.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real3.6960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36950000.0000
解质量估计 total_estimate0.7113
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.686
峰度 Kurtosis kurtosis-0.208
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4382000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.431; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.178; Smooth: 0.770

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1ow8a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase
结构域编号 domain_idd1ow8b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase
结构域编号 domain_idd1ow8c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ow8A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 — Single helix bin
结构域编号 domain_id1ow8A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2
结构域编号 domain_id1ow8B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 — Single helix bin
结构域编号 domain_id1ow8B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2
结构域编号 domain_id1ow8C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 — Single helix bin
结构域编号 domain_id1ow8C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)