1p1z

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE LECTIN-LIKE NATURAL KILLER CELL RECEPTOR LY-49C BOUND TO ITS MHC CLASS I LIGAND H-2Kb

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–295 未记录 Beta-2-microglobulin × 2 (P01887) Ovalbumin peptide × 2 (P01012) LY49-C antigen × 2 (Q64329) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;10% PEG 20000, 2% DIOXANE, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.26 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、140 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–274; UniProt 22–295

Beta-2-microglobulin

Mus musculus

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 未记录 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain × 2 (P01901) Ovalbumin peptide × 2 (P01012) LY49-C antigen × 2 (Q64329) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;10% PEG 20000, 2% DIOXANE, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.26 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 290 个其他 PDB 条目、483 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–99; UniProt 21–119

Ovalbumin peptide

物种未注明

UniProt P01012

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 257–264 片段:residues 257-264 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain × 2 (P01901) Beta-2-microglobulin × 2 (P01887) LY49-C antigen × 2 (Q64329) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;10% PEG 20000, 2% DIOXANE, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.26 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OVAL_CHICK
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 257–264

LY49-C antigen

Mus musculus

UniProt Q64329

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 143–262 未记录 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain × 2 (P01901) Beta-2-microglobulin × 2 (P01887) Ovalbumin peptide × 2 (P01012) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;277 K;10% PEG 20000, 2% DIOXANE, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.26 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 KLRA3_MOUSE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–120; UniProt 143–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1p1z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1p1z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1p1z
沉积日期 deposition_date2003-04-14
结构标题 titleX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE LECTIN-LIKE NATURAL KILLER CELL RECEPTOR LY-49C BOUND TO ITS MHC CLASS I LIGAND H-2Kb
关键词 keywordsNK, Kb, MHC, Antigenic Peptide, Ly49, OVA, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.31
零角强度 I(0) i051805900.00
分子量 molecular_weight55728.0 kDa
排除体积 excluded_volume69659 ų
包络体积 envelope_volume84095 ų
水化壳体积 shell_volume29374 ų
包络直径 envelope_diameter76.4
壳层 Rg shell_rg31.02
包络 Rg envelope_rg23.42
形状 Rg shape_rg23.30
总 Rg total_rg24.25
总原子数 total_atoms3926
残基数 n_residues478
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.6
Rg (实空间) rg_real24.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real5.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal51810000.0000
解质量估计 total_estimate0.9072
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.9
偏度 Skewness skewness0.154
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12100000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1p1za1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1p1za2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1p1zb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1p1zd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1p1zA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1p1zA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1p1zB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1p1zD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)