1p4e

Flpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombinase FLP protein

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 6	5'-D(TPAPAPGPTPTPCPCPTPAPTPTPC)-3' × 2 5'-D(TPTPTPAPAPAPAPGPAPAPTPAPGPGPAPAPCPTPTP*C)-3' × 2 33-MER × 2 PHOSPHONATE × 1 water × 9	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLP_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4, 5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–422； UniProt 3–424 作者链 B； PDB构建体 1–422； UniProt 3–424 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 3–423 作者链 D； PDB构建体 1–421； UniProt 3–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p4e
沉积日期 deposition_date	2003-04-23
结构标题 title	Flpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex
关键词 keywords	Flp, Holliday junction, site-specific recombination, W330, Flpe, DNA BINDING PROTEIN-RECOMBINATION-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1p4e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1p4e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1p4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.48 Å
Rg（电子密度）	39.83 Å
总 Rg	40.22 Å
原子数	15804
残基数	1752
排除体积	275210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1p4e__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPAPAPGPTPTPCPCPTPAPTPTP*C)-3'
分子量 formula_weight	3916.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F
原子数 atom_count	16070

TAAGTTCCTATTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPTPTPAPAPAPAPGPAPAPTPAPGPGPAPAPCPTPTPC)-3'
分子量 formula_weight	6165.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J

TTTAAAAGAATAGGAACTTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	33-MER
分子量 formula_weight	10126.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H

TAAGTTCCTATTCTTTAAAAGAATAGGAACTTC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Recombinase FLP protein
分子量 formula_weight	49383.4 kDa
突变 mutation	W330F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SQFDILCKTPPKVLVRQFVERFERPSGEKIASCAAELTYLCWMITHNGTAIKRATFMSYNTIISNSLSFDIVNKSLQFKYKTQKATILEASLKKLIPAWEFTIIPYNGQKHQSDITDIVSSLQLQFESSEEADKGNSHSKKMLKALLSEGESIWEITEKILNSFEYTSRFTKTKTLYQFLFLATFINCGRFSDIKNVDPKSFKLVQNKYLGVIIQCLVTETKTSVSRHIYFFSARGRIDPLVYLDEFLRNSEPVLKRVNRTGNSSSNKQEYQLLKDNLVRSYNKALKKNAPYPIFAIKNGPKSHIGRHLMTSFLSMKGLTELTNVVGNFSDKRASAVARTTYTHQITAIPDHYFALVSRYYAYDPISKEMIALKDETNPIEEWQHIEQLKGSAEGSIRYPAWNGIISQEVLDYLSSYINRRIGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Recombinase FLP protein
分子量 formula_weight	49463.4 kDa
突变 mutation	W330F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHONATE
分子量 formula_weight	80.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	266

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1p4ea1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.9 — lambda integrase-like, N-terminal domain
家族 Family family	a.60.9.1 — lambda integrase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1p4ea2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1p4eb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.9 — lambda integrase-like, N-terminal domain
家族 Family family	a.60.9.1 — lambda integrase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1p4eb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1p4eb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1p4ec1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.9 — lambda integrase-like, N-terminal domain
家族 Family family	a.60.9.1 — lambda integrase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1p4ec2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1p4ed1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.9 — lambda integrase-like, N-terminal domain
家族 Family family	a.60.9.1 — lambda integrase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1p4ed2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1p4eA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1)

结构域编号 domain_id	1p4eA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intergrase catalytic core

结构域编号 domain_id	1p4eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1)

结构域编号 domain_id	1p4eB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intergrase catalytic core

结构域编号 domain_id	1p4eC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1)

结构域编号 domain_id	1p4eC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intergrase catalytic core

结构域编号 domain_id	1p4eD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — FLP Recombinase, lambda integrase-like, N-terminal domain (domain 1)

结构域编号 domain_id	1p4eD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intergrase catalytic core

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晶胞边长 a length_a	79.760 Å
晶胞边长 b length_b	116.715 Å
晶胞边长 c length_c	142.053 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	21.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2750

Flpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombinase FLP protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p4e__assembly_1__model_1

1p4e__assembly_1__model_1 | I(q)

1p4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Flpe W330F mutant-DNA Holliday Junction Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombinase FLP protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1p4e__assembly_1__model_1

1p4e__assembly_1__model_1 | I(q)

1p4e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)