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1pdo

PHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MANNOSE PERMEASE

Escherichia coli

UniProt P69797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–132 片段：IIA ==MAN== DOMAIN, RESIDUES 2 - 133, OF THE IIAB ==MAN== SUBUNIT PLUS PHE-ALA-GLY AT THE CARBOXY TERMINUS 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.8；pH 6.8 分辨率 1.70 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1PDO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1VRC Complex of enzyme IIAmannose and the histidine-containing phosphocarrier protein HPr from escherichia coli nmr, restrained regularized mean structure 提交 2005-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–132（132 aa） 片段：EIIA DOMAIN
链 B 1–132（132 aa） 片段：EIIA DOMAIN
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
1VSQ Solution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system 提交 2008-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–134（133 aa）
链 B 2–134（133 aa）
链 C 159–323（165 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2JZH structure of IIB domain of the mannose transporter of E. coli 提交 2008-01-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 154–323（170 aa） 片段：PTS EIIB type-4 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JZN Solution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system 提交 2008-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–134（133 aa）
链 B 2–134（133 aa）
链 C 159–323（165 aa）
突变：H10E 突变：H10E 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1 mM see details IIAMan(H10E)+IIBMan, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5-1 mM see details IIAMan(H10E)+IIBMan, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JZO Solution NMR structure of the non-productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system 提交 2008-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–134（133 aa） 片段：PTS EIIB type-4 domain
链 B 2–134（133 aa） 片段：PTS EIIB type-4 domain
链 D 159–323（165 aa） 片段：PTS EIIA type-4 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan+IIBMan, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5-1 mM IIAMan+IIBMan, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTNAB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1pdo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1pdo
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pdo
沉积日期 deposition_date1996-03-08
结构标题 titlePHOSPHOENOLPYRUVATE-DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM
关键词 keywordsPHOSPHOENOLPYRUVATE DEPENDENT PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM, PHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.20 Å
零角强度 I(0) i03739140.00
分子量 molecular_weight14012.0 kDa
排除体积 excluded_volume17720 ų
包络体积 envelope_volume20161 ų
水化壳体积 shell_volume12190 ų
包络直径 envelope_diameter53.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.78 Å
包络 Rg envelope_rg14.85 Å
形状 Rg shape_rg14.18 Å
总 Rg total_rg15.46 Å
总原子数 total_atoms988
残基数 n_residues129
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.1 Å
Rg (实空间) rg_real15.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7390e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9590e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3739000.0000
解质量估计 total_estimate0.7651
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.5 Å
偏度 Skewness skewness0.198
峰度 Kurtosis kurtosis-0.150
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha775300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1pdoa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.54 — PTS system fructose IIA component-like
超家族 Superfamily superfamilyc.54.1 — PTS system fructose IIA component-like
家族 Family familyc.54.1.1 — EIIA-man component-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1pdoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily510 — Phosphotransferase system, mannose-type IIA component
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)