SAXSdb — 1ph9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomere-binding protein alpha subunit

Sterkiella nova

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 3	5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPGPGPGPT)-3' × 2 5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPAPGP*G)-3' × 1 Telomere-binding protein beta subunit × 1 （P16458） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TEBA_OXYNO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–460； UniProt 36–495

Telomere-binding protein beta subunit

Sterkiella nova

UniProt P16458

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 3	5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPGPGPGPT)-3' × 2 5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPAPGP*G)-3' × 1 Telomere-binding protein alpha subunit × 1 （P29549） SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TEBB_OXYNO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–216； UniProt 9–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ph9
沉积日期 deposition_date	2003-05-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGAGG
关键词 keywords	;SINGLE STRAND DNA BINDING PROTEIN, PROTEIN DNA INTERACTIONS, SEQUENCE SPECIFICITY, NONCOGNATE, OLIGONUCLEOTIDE AND OLIGOSACCHARIDE BINDING FOLD, OB FOLD, TELOMERES, PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ph9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ph9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ph9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.95 Å
Rg（电子密度）	30.71 Å
总 Rg	31.49 Å
原子数	6180
残基数	711
排除体积	107720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ph9__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPGPGPGP*T)-3'
分子量 formula_weight	4109.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H
原子数 atom_count	6683

GGGGTTTTGGGGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPAPGPG)-3'
分子量 formula_weight	3789.5 kDa
突变 mutation	G10A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGGGTTTTGAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Telomere-binding protein alpha subunit
分子量 formula_weight	52460.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

YEYVELAKASLTSAQPQHFYAVVIDATFPYKTNQERYICSLKIVDPTLYLKQQKGAGDASDYATLVLYAKRFEDLPIIHRAGDIIRVHRATLRLYNGQRQFNANVFYSSSWALFSTDKRSVTQEINNQDAVSDTTPFSFSSKHATIEKNEISILQNLRKWANQYFSSYSVISSDMYTALNKAQAQKGDFDVVAKILQVHELDEYTNELKLKDASGQVFYTLSLKLKFPHVRTGEVVRIRSATYDETSTQKKVLILSHYSNIITFIQSSKLAKELRAKIQDDHSVEVASLKKNVSLNAVVLTEVDKKHAALPSTSLQDLFHHADSDKELQAQDTFRTQFYVTKIEPSDVKEWVKGYDRKTKKSSSLKGASGKGDNIFQVQFLVKDASTQLNNNTYRVLLYTQDGLGANFFNVKADNLHKNADARKKLEDSAELLTKFNSYVDAVVERRNGFYLIKDTKLIY

来源 Source

来源生物 organism	Sterkiella nova
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	200597
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Telomere-binding protein beta subunit
分子量 formula_weight	24487.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QQQSAFKQLYTELFNNEGDFSKVSSNLKKPLKCYVKESYPHFLVTDGYFFVAPYFTKEAVNEFHAKFPNVNIVDLTDKVIVINNWSLELRRVNSAEVFTSYANLEARLIVHSFKPNLQERLNPTRYPVNLFRDDEFKTTIQHFRHTALQAAINKTVKGDNLVDISKVADAAGKKGKVDAGIVKASASKGDEFSDFSFKEGNTATLKIADIFVQEKG

来源 Source

来源生物 organism	Sterkiella nova
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	200597
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	503

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1ph9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1ph9a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1ph9a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d1ph9b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ph9A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1ph9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1ph9A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1ph9B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	200 — Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Telomere-binding Protein Beta Subunit; Chain

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晶胞边长 a length_a	92.972 Å
晶胞边长 b length_b	92.972 Å
晶胞边长 c length_c	422.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.750 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2640

CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGAGG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomere-binding protein alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Telomere-binding protein beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ph9__assembly_1__model_1

1ph9__assembly_1__model_1 | I(q)

1ph9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGAGG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomere-binding protein alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Telomere-binding protein beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ph9__assembly_1__model_1

1ph9__assembly_1__model_1 | I(q)

1ph9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)