SAXSdb — 1ps9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ps9
沉积日期 deposition_date	2003-06-20
结构标题 title	The Crystal Structure and Reaction Mechanism of E. coli 2,4-Dienoyl CoA Reductase
关键词 keywords	IRON-SULFUR, TIM BARREL, FLAVODOXIN, FLAVIN, ELECTRON TRANSFER, HYDRIDE TRANSFER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.11 Å
零角强度 I(0) i0	100735000.00
分子量 molecular_weight	75976.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93814 Å³
包络体积 envelope_volume	108550 Å³
水化壳体积 shell_volume	34043 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.14 Å
包络 Rg envelope_rg	26.43 Å
形状 Rg shape_rg	26.19 Å
总 Rg total_rg	26.64 Å
总原子数 total_atoms	5303
残基数 n_residues	671
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8198
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	2,4-dienoyl-CoA reductase
分子量 formula_weight	72627.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5676

SYPSLFAPLDLGFTTLKNRVLMGSMHTGLEEYPDGAERLAAFYAERARHGVALIVSGGIAPDLTGVGMEGGAMLNDASQIPHHRTITEAVHQEGGKIALQILHTGRYSYQPHLVAPSALQAPINRFVPHELSHEEILQLIDNFARCAQLAREAGYDGVEVMGSEGYLINEFLTLRTNQRSDQWGGDYRNRMRFAVEVVRAVRERVGNDFIIIYRLSMLDLVEDGGTFAETVELAQAIEAAGATIINTGIGWHEARIPTIATPVPRGAFSWVTRKLKGHVSLPLVTTNRINDPQVADDILSRGDADMVSMARPFLADAELLSKAQSGRADEINTCIGCNQACLDQIFVGKVTSCLVNPRACHETKMPILPAVQKKNLAVVGAGPAGLAFAINAAARGHQVTLFDAHSEIGGQFNIAKQIPGKEEFYETLRYYRRMIEVTGVTLKLNHTVTADQLQAFDETILASGIVPRTPPIDGIDHPKVLSYLDVLRDKAPVGNKVAIIGCGGIGFDTAMYLSQPGESTSQNIAGFCNEWGIDSSLQQAGGLSPQGMQIPRSPRQIVMLQRKASKPGQGLGKTTGWIHRTTLLSRGVKMIPGVSYQKIDDDGLHVVINGETQVLAVDNVVICAGQEPNRALAQPLIDSGKTVHLIGGCDVAMELDARRAIAQGTRLALEI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	5-MERCAPTOETHANOL-2-DECENOYL-COENZYME A
分子量 formula_weight	994.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	373

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1ps9a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1ps9a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.1 — C-terminal domain of adrenodoxin reductase-like

结构域编号 domain_id	d1ps9a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family family	c.4.1.1 — N-terminal domain of adrenodoxin reductase-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ps9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1ps9A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1ps9A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	65.601 Å
晶胞边长 b length_b	109.227 Å
晶胞边长 c length_c	110.304 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/ps/1ps9/1ps9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ps/1ps9/1ps9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ps/1ps9/1ps9.dat

The Crystal Structure and Reaction Mechanism of E. coli 2,4-Dienoyl CoA Reductase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution